在 R 中为 system() 设置环境变量？答案

【问题标题】：set environment variables for system() in R?在 R 中为 system() 设置环境变量？
【发布时间】：2011-04-22 23:50:09
【问题描述】：

我一直在 Ubuntu 中使用 R 来使用 system() 进行系统调用，例如启动 Amazon EC2 实例、管理 S3 上的文件等。如果我从命令行启动 R，一切正常。但是，如果我从使用 Rscript 的脚本或从 ESS 启动 R，我会遇到未设置环境变量的问题。

我认为这是一个问题，我没有正确理解在 Ubuntu 中设置环境变量的位置。我认为“正确的地方”（对于“正确”的某些定义）是在 ~/.bashrc 中设置用户环境变量。这是我设置export EC2_HOME=/home/jd/ec2 之类的地方，但是当我从 ESS 执行 R 并进行系统调用时，.bashrc 脚本没有运行。我试过谷歌搜索，我看到很多关于 Ubuntu 环境变量的解释，比如this one。我的下意识反应是尝试上述线程中的每个建议，并在其中一个选项起作用时停止大便。但后来我得到了非标准的设置，这让我后来很生气。

那么我应该如何设置环境变量，以便在 R 中运行 system() 调用时正确设置它们？

【问题讨论】：

标签： r ubuntu system environment-variables bash

【解决方案1】：

您可以尝试使用 Sys.setenv 在 R 本身中设置它们。

【讨论】：

好吧。我试图通过 Ubuntu 方法做到这一点，但没有意识到有 R 方法。谢谢！
还有Renviron。 Renviron.site 和 ~/.Renviron.

【解决方案2】：

我认为你混淆了这个问题。我担心这可能与登录 shell 与非登录 shell 有关。请参阅 bash 手册页以了解细则……过去曾让我发疯。

也就是说，如果您可以在系统范围内设置环境变量，那么您有几个选择：

/etc/environment 是一个非常好的地方，因为如果您使用不同的 shell，它与 shell 无关
对于登录和非登录 shell，获得完全控制权的一种我认为合适的方法是将 my 更改为 ~/.local_bashrc
从和所有的添加. ~/.local_bashrc
- ~./bashrc
- ~/.bash_profile
- ~/.profile`
等等。

您可以在采购之前使用 echo Hello from FILE 将 FILE 替换为文件名。这向您展示了从登录开始（例如通过gdm 等）、通过ssh 连接、通过新的xterm 等终端等开始的shell 之间的区别。

【讨论】：

该死的好技巧，一如既往的德克。我很想开始编辑/etc/environment，但每次我开始在/etc/ 中搞砸一些东西时，我都会听到一个带有德国口音的声音非常轻柔地说“我学得不是很快，是吗？”我有点毛骨悚然，重新考虑离开家庭农场并在大城市追求生活的决定。

【解决方案3】：

您可以使用 source 命令强制系统读取您的 .bashrc 文件

source ~/.bashrc

很多不优雅和丑陋的方式来应用这个

【讨论】：