R：使用 system() 调用的别名命令答案

【问题标题】：R: Alias command called with system()R：使用 system() 调用的别名命令
【发布时间】：2015-07-30 02:54:30
【问题描述】：

在我的~/.bash_profile 文件中，我输入了这个alias 命令：

which mvsync
alias mvsync='rsync --remove-source-files -arvuP'
    /usr/bin/rsync

它在 bash shell 中运行良好，但是当我在 R 中使用 system 调用它时，我得到一个找不到命令：

R
system('mvsync --help')
sh: mvsync: command not found

## Or
system('mvsync --help', intern=TRUE)
sh: mvsync: command not found
Error in system("mvsync --help", intern = TRUE) : 
  error in running command

## Or
system("bash -i -c mvsync")
bash: mvsync: command not found

[4]+  Stopped                 R

bash_profile 中的其他环境变量可以被 R/system() 正确识别。知道如何/是否可以修复吗？

这是 R 会话信息：

sessionInfo()
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.6 (Final)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_1.0.0    data.table_1.9.4

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] chron_2.3-45     colorspace_1.2-4 digest_0.6.8     grid_3.1.3       gtable_0.1.2     MASS_7.3-39      munsell_0.4.2    plyr_1.8.1       proto_0.3-10     Rcpp_0.11.3      reshape2_1.4     scales_0.2.4     stringr_0.6.2

【问题讨论】：

你试过加system('mvsync --help', intern=TRUE)
@pacomet 恐怕不走运（见编辑后的帖子），但谢谢。
别名是 bash 主义，而不是 shell 主义（我知道这听起来很矛盾）。试试system("bash -i -c mvsync")（-i 对于让 bash 访问别名等功能很重要）。
@r2evans 谢谢，但仍然无法正常工作（请参阅编辑后的帖子）。顺便说一句，我看到 /bin/sh 是 bash 的符号链接。
@dariober，好吧，我的意思是在系统调用中使用 bash 与交互式使用 bash 不同，因此需要-i。不过很好奇，因为我发布的内容适用于我的 ubuntu 和 windows 机器。尝试-l（登录）以及（参见similar question），假设这是您定义别名的where的问题。

标签： r bash .bash-profile

【解决方案1】：

您的 shell 可能不是登录 shell：http://linux.die.net/man/1/bash

当 bash 作为交互式登录 shell 或作为带有 --login 选项的非交互式 shell 调用时，它首先从文件 /etc/profile 中读取并执行命令（如果该文件存在）。读取该文件后，它会按顺序查找 ~/.bash_profile、~/.bash_login 和 ~/.profile，并从第一个存在且可读的文件中读取并执行命令。启动 shell 时可以使用 --noprofile 选项来禁止这种行为。

--login 可能有效，但最好将别名放在 .bashrc 中，即使它不是登录 shell 也会执行

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以通过使用 system2 并在交互模式下使用 bash 来解决此问题，即添加 -i 或作为登录 shell (-l)，具体取决于您添加别名的位置。

在~/.bashrc 中分配别名时的示例：

system2('/bin/bash', args = c('-ic', shQuote('mvsync --help')))

从man bash 我们了解到

当 bash 作为交互式登录 shell 或作为具有 --login [-l] 选项的非交互式 shell 调用时，它首先从文件 /etc/profile 中读取并执行命令，如果该文件存在的话。读取该文件后，它会按顺序查找~/.bash_profile、~/.bash_login 和~/.profile，并从第一个存在且可读的文件中读取并执行命令。当 shell 启动时可以使用--noprofile 选项来禁止这种行为。

[...]

当启动不是登录 shell 的交互式 shell [-i] 时，如果存在这些文件，bash 会读取并执行来自 /etc/bash.bashrc 和 ~/.bashrc 的命令。这可以通过使用 --norc 选项来禁止。 --rcfile 文件选项将强制 bash 从文件而不是 /etc/bash.bashrc 和 ~/.bashrc 读取和执行命令。

【讨论】：

【解决方案3】：

显然，非交互式 shell 会话中不会扩展别名。

您需要运行

shopt -s expand_aliases

在你的系统调用中，例如

system('bash -l',input=c("shopt -s expand_aliases","mvsync --help"))

或定义BASH_ENV 环境变量并将其添加到该文件中。

【讨论】：