如何在 R 中运行带有别名的系统可执行文件？答案

【问题标题】：How do I run system executables with aliases within R?如何在 R 中运行带有别名的系统可执行文件？
【发布时间】：2018-07-31 10:24:47
【问题描述】：

假设，我在 R 中运行系统命令来运行 executable。

inputfile <- "/path/myfile.txt"

如何将以下命令中的/path/myfile.txt 替换为inputfile，如下面的命令所示？

system ("executable -input inputfile -output output.txt")

【问题讨论】：

【解决方案1】：

尝试以下任何一种：

library(gsubfn)

fn$system("executable -input $inputfile  -output output.txt")

或者没有包：

cmd <- sprintf("executable -input %s -output output.txt", inputfile)
system(cmd)

【讨论】：

谢谢，但如果我使用这样的语法，这将不起作用：system ("plink --bfile inputfile --freq")。该命令自动生成输出文件。
问题是 如何将以下命令中的 /path/myfile.txt 替换为如下命令所示的 inputfile？ 并且显示的代码确实可以做到这一点。完全不清楚您的第二个示例中有什么区别，但是如果您想用 /path/myfile.txt 替换 inputfile ，那么它会以同样的方式完成。
这里不一定相关，但我建议（对 OP）你用shQuote 或至少sQuote 等进行防御。（R 的system 和system2 很破，也许sys 包更好。想法，G？）