检索 knitr 会话中生成的警告

Question

我有一个很长的 R Markdown 脚本，它会生成超过 50 个 knitr 错误。它会生成一个需要修复的 .pptx 文件（尽管我看不到需要修复的内容）。有时 PowerPoint 会根据第一张标题幻灯片重命名文件。编织会话会产生一条警告消息，邀请我输入warnings() 来检查它们。只要 knitr 会话在我看不到的环境中，输入 warnings() 没有帮助。

创建的输出：demo.pptx 有 50 个或更多警告（使用 warnings() 查看前 50 个）

我无法给出产生 knitr 警告的简洁、可重复的示例，但我可以告诉您，它们来自插入符号和 gbm，它们会输出 很多 格式化输出（黑色）和未格式化消息（红色) 甚至不需要的情节，尽管默认设置为 verbose = FALSE。

这是我的 .rmd 文件的头：

---
title: "Demo of knitr warnings when making Powerpoint"
author: "author name"
output:
  powerpoint_presentation:
    slide_level: 2
---
```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=10, echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, cache=FALSE)
```

```{r setup}   
suppressPackageStartupMessages(library(knitr))
suppressPackageStartupMessages(library(rmarkdown))
```

如何发现 knitr 执行的环境，以便访问警告？当我试图重现警告时，我注意到我的代码生成的警告显然没有被附加到 last.warnings 列表中。

Answer 1

是的！ @user2554330 是对的。 rmarkdown::render("yourfile.Rmd") 在您自己的全球环境中工作正常。

如果您使用的是 RStudio，请记住以下几点：

• 源是保存到磁盘的任何内容，所以不要忘记保存。
• 您可以使用knit.global() 检查环境。无论您键入命令还是使用 knit 按钮——这显然会产生一个新的 R 会话——结果都是一样的。你可以达到第一个，但不能达到第二个。

  环境：R_GlobalEnv

• 直到您在本地环境中才能看到对象 执行完成。
• 而且 PowerPoint 不会自动启动。

是的，所有丑陋的警告（在我的例子中来自 gbm）都在那里。

Answer 2

使用rmarkdown::render("yourfile.Rmd") 运行 knitr，它将在当前会话中运行。然后 warnings() 将起作用。

例如，我没有从您的代码中看到任何警告，但是当我添加时

for ( i in 1:100)
  warning(i)

对于代码块，我收到了类似您的消息。于是我用了上面的思路，看到了

> rmarkdown::render("~/temp/Untitled.Rmd")


processing file: Untitled.Rmd
  |................                                                 |  25%
  ordinary text without R code

  |................................                                 |  50%
label: global_options (with options) 
List of 1
 $ include: logi FALSE

  |.................................................                |  75%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: setup

output file: Untitled.knit.md

'/Applications/RStudio 2.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc' +RTS -K512m -RTS Untitled.utf8.md --to pptx --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash+smart --output Untitled.pptx --slide-level 2 

Output created: Untitled.pptx
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In eval(expr, envir, enclos) : 1
2: In eval(expr, envir, enclos) : 2
3: In eval(expr, envir, enclos) : 3
4: In eval(expr, envir, enclos) : 4
5: In eval(expr, envir, enclos) : 5
6: In eval(expr, envir, enclos) : 6
7: In eval(expr, envir, enclos) : 7
8: In eval(expr, envir, enclos) : 8
9: In eval(expr, envir, enclos) : 9
10: In eval(expr, envir, enclos) : 10
11: In eval(expr, envir, enclos) : 11
12: In eval(expr, envir, enclos) : 12
13: In eval(expr, envir, enclos) : 13
14: In eval(expr, envir, enclos) : 14
15: In eval(expr, envir, enclos) : 15
16: In eval(expr, envir, enclos) : 16
17: In eval(expr, envir, enclos) : 17
18: In eval(expr, envir, enclos) : 18
19: In eval(expr, envir, enclos) : 19
20: In eval(expr, envir, enclos) : 20
21: In eval(expr, envir, enclos) : 21
22: In eval(expr, envir, enclos) : 22
23: In eval(expr, envir, enclos) : 23
24: In eval(expr, envir, enclos) : 24
25: In eval(expr, envir, enclos) : 25
26: In eval(expr, envir, enclos) : 26
27: In eval(expr, envir, enclos) : 27
28: In eval(expr, envir, enclos) : 28
29: In eval(expr, envir, enclos) : 29
30: In eval(expr, envir, enclos) : 30
31: In eval(expr, envir, enclos) : 31
32: In eval(expr, envir, enclos) : 32
33: In eval(expr, envir, enclos) : 33
34: In eval(expr, envir, enclos) : 34
35: In eval(expr, envir, enclos) : 35
36: In eval(expr, envir, enclos) : 36
37: In eval(expr, envir, enclos) : 37
38: In eval(expr, envir, enclos) : 38
39: In eval(expr, envir, enclos) : 39
40: In eval(expr, envir, enclos) : 40
41: In eval(expr, envir, enclos) : 41
42: In eval(expr, envir, enclos) : 42
43: In eval(expr, envir, enclos) : 43
44: In eval(expr, envir, enclos) : 44
45: In eval(expr, envir, enclos) : 45
46: In eval(expr, envir, enclos) : 46
47: In eval(expr, envir, enclos) : 47
48: In eval(expr, envir, enclos) : 48
49: In eval(expr, envir, enclos) : 49
50: In eval(expr, envir, enclos) : 50