在 R Shiny App 中渲染 R Markdown 文档时，参考书目不起作用

Question

问题

我正在尝试在 Shiny 应用程序中呈现 R Markdown 文档，我在这篇文章 (RMarkdown in Shiny Application) 中使用 David 非常有用的解决方案成功地实现了这一点。但是，我无法使用 .bib 文件中的引用来呈现文档，该文件与 Shiny 应用程序和 R Markdown 文档位于同一目录中。请在下面找到一个最小的可重现示例。

R Markdown 文档

RMarkdownFile.rmd

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: html_document
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Statement

ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

## References

参考书目

参考书目.bib

@book{wickham2016ggplot2,
  title={ggplot2: elegant graphics for data analysis},
  author={Wickham, Hadley},
  year={2016},
  publisher={springer}
}

闪亮的应用程序

app.R

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles, knit, quiet = T)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        withMathJax(includeMarkdown("RMarkdownFile.md"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

结果

在应用程序外部编织 RMarkdownFile.rmd 效果很好，产生以下输出

RMarkdownFile
Test Author
15/10/2020
Statement
ggplot2 (Wickham 2016) is a great package!

References
Wickham, Hadley. 2016. Ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. springer.

但是，如上在 Shiny 应用程序中渲染 RMarkdownFile.md 无法从 bibliography.bib 文件生成文档中的引文和引用，如下所示

Statement
ggplot2 [@wickham2016ggplot2] is a great package!

References

更新 - 解决方案

在尝试了几种不同的方法之后，最简单的方法最终奏效了。下面是更新后的 Shiny App，其中包括从 R markdown 文档呈现的 html 文档，并带有引用。

app.R

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

其他问题

然而.....虽然这适用于从 R Markdown 生成的基本 HTML 文档，但在 RMarkdown 文档的 YAML 块中包含“self_contained: false”时，如下所示

---
title: "RMarkdownFile"
author: "Test Author"
date: "15/10/2020"
output: 
    html_document:
        self_contained: false
bibliography: bibliography.bib
link-citations: yes
---

导致放置在补充文件夹中的项目，在这种情况下名为“RMarkdownFile_files”，Shiny 应用程序无法找到。通过 Rstudio devtools 检查 Shiny 中缺失的元素会发现以下错误：

加载资源失败：服务器响应状态为 404（未找到）

相反，当在 YAML 块中包含“self_contained: true”时，元素不再丢失，但我无法访问我的使用 shinydashboard 的非 reprex Shiny 应用程序中的多个选项卡。

编辑：我现在在另一篇文章Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break中记录了这个问题

正确的方法

编辑：这些问题现在已经使用下面的代码解决了，注意 RMarkdownFile.html 文件必须放在 Shiny 应用目录的“www”文件夹中，除非直接在那里渲染。

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html", width = '100%',  height = 1000,  style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

Answer 1

正如我在上面更新的帖子中所详述的，要在 Shiny 应用程序中包含 HTML 文档，请使用以下代码（事后看来很明显！）：

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        includeHTML("RMarkdownFile.html")
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)

这适用于一个非常基本的闪亮应用程序，但是使用闪亮仪表板会产生额外的问题，这里详述Including a HTML file rendered from RMarkdown in R Shiny apps using shinydashboard is causing tabItems to break

编辑：这些问题现在已经使用下面的代码解决了，注意 RMarkdownFile.html 文件必须放在 Shiny 应用目录的“www”文件夹中，除非直接在那里渲染。

library(shiny)
library(knitr)

rmarkdown::render("RMarkdownFile.Rmd")

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        htmltools::tags$iframe(src = "RMarkdownFile.html", width = '100%',  height = 1000,  style = "border:none;"))
  )
)
server <- function(input, output) { }

shinyApp(ui, server)