为绘图热图自定义悬停文本答案

【问题标题】：Customize hover text for plotly heatmap为绘图热图自定义悬停文本
【发布时间】：2017-08-01 07:08:27
【问题描述】：

我有一个matrix（几种情况下的基因表达）：

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

我想在R 中使用plotly 将其绘制为heatmap。

require(plotly)
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4)) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

工作正常。

但是，我想添加只有在悬停时才能看到的文本。

我认为这会起作用：

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),50),sep=":")
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4),hoverinfo='text',text=~conditions.text) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

但事实并非如此。将鼠标悬停在绘图上时，我实际上没有看到任何文字。

请注意，我使用的是 matrix 而不是 melted data.frame。

【问题讨论】：

标签： r hover heatmap plotly

【解决方案1】：

您将 50x10 的数组传递到热图中，但将 50 个条目的列表作为 hoverinfo。热图的输入和文本必须具有相同的尺寸。

library(plotly)
set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),500),sep=":")
conditions.text <- matrix(unlist(conditions.text), ncol = 10, byrow = TRUE)

plot_ly(z=mat,
        type="heatmap",
        hoverinfo='text',
        text=conditions.text)

【讨论】：

【解决方案2】：

因此，plotly 中的~ 语法旨在用作对data = ... 对象的引用，例如data$...。由于 plotly 的热图不适用于 data 参数，因此它在这里不起作用。您需要构造一个与mat 具有相同维度的矩阵，以提供给text = ... 参数。有点笨拙，但它的情节很好：

# make a matrix same dimensions as mat
text.mat <- matrix(conditions.text, nrow(mat), ncol(mat))
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,
                          type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),
                          colorbar=list(title="Score",len=0.4), hoverinfo='text', text=text.mat) %>%
    layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))
heatmap.plotly

如果你想为文本构建多行悬停信息，只需在text.mat 中使用内联<\br> 标签，plotly 会将它们读取为 html 并在渲染时创建行返回。

【讨论】：