【发布时间】：2016-11-15 09:39:28
【问题描述】：
我在编码方面还很陌生（完全自学），并在我作为癌症实验室研究助理的工作中开始使用它。我需要一些帮助，在 matplot 实验室中设置一些折线图。
我有一个数据集，其中包含大约 80 名患者的下一代测序数据。对于每位患者，我们都有不同的分析时间点、检测到的不同基因（共 40 个）以及相关的基因突变百分比。
我的目标是编写两个脚本，一个将生成“按患者”图，这将是一个带有 y-%mutation、x-time 测量的折线图，并且所有制作的线都有不同的颜色线每个患者的相关基因。第二个图将是“按基因”，其中我将有一个图包含不同的颜色线，代表每个不同患者对该特定基因的 x/y 值。
这是上述脚本的 1 个基因编号的示例数据框：
gene yaxis xaxis pt# gene#
ASXL1-3 34 1 3 1
ASXL1-3 0 98 3 1
IDH1-3 24 1 3 11
IDH1-3 0 98 3 11
RUNX1-3 38 1 3 21
RUNX1-3 0 98 3 21
U2AF1-3 33 1 3 26
U2AF1-3 0 98 3 26
我设置了一个 groupby 脚本，当我对其进行迭代时，它会为每个患者的每个基因时间点提供一个数据框。
grouped = df.groupby('pt #')
for groupObject in grouped:
group = groupObject[1]
对于患者 1，这给出以下输出：
y x gene patientnumber patientgene genenumber dxtotransplant \
0 40.0 1712 ASXL1 1 ASXL1-1 1 1857
1 26.0 1835 ASXL1 1 ASXL1-1 1 1857
302 7.0 1835 RUNX1 1 RUNX1-1 21 1857
我需要帮助编写一个脚本来创建上述任一图。使用 bypatient 示例，我的总体想法是，我需要为患者拥有的每个基因创建一个不同的子图，其中每个子图是由该基因表示的折线图。
据我所知，使用 matplotlib 是这样的：
plt.figure()
grouped = df.groupby('patient number')
for groupObject in grouped:
group = groupObject[1]
df = group #may need to remove this
for element in range(len(group)):
xs = np.array(df[df.columns[1]]) #"x" column
ys= np.array(df[df.columns[0]]) #"y" column
gene = np.array(df[df.columns[2]])[element] #"gene" column
plt.subplot(1,1,1)
plt.scatter(xs,ys, label=gene)
plt.plot(xs,ys, label=gene)
plt.legend()
plt.show()
这会产生以下输出：
在此输出中，圈出的线不应该连接到其他 2 个点。在这种情况下，这是患者 1，他具有以下数据点：
x y gene
1712 40 ASXL1
1835 26 ASXL1
1835 7 RUNX1
使用 seaborn，我已经接近使用此代码所需的图表：
grouped = df.groupby(['patientnumber'])
for groupObject in grouped:
group = groupObject[1]
g = sns.FacetGrid(group, col="patientgene", col_wrap=4, size=4, ylim=(0,100))
g = g.map(plt.scatter, "x", "y", alpha=0.5)
g = g.map(plt.plot, "x", "y", alpha=0.5)
plt.title= "gene:%s"%element
使用此代码，我得到以下信息：
如果我调整线路：
g = sns.FacetGrid(group, col="patientnumber", col_wrap=4, size=4, ylim=(0,100))
我得到以下结果：
正如您在 2d 示例中看到的那样，该图将我的图上的每个点都视为来自同一条线（但它们实际上是 4 条单独的线）。
如何调整迭代，以便将每个患者基因视为同一图表上的单独线？
【问题讨论】：
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这里的内容可能有点宽泛——你有很好的细节水平，但 Stack Overflow 上的标签社区通常会试图阻止寻求广泛指导或入门的帖子。既然你在这方面花了一些时间，你会向我们展示你尝试过的东西，即使那没有用吗？但是我已经取消了你的截止日期 - 任何试图催促志愿者的事情通常都不会受到欢迎
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@halfer 嘿，我对这个网站（以及一般的编码社区）还很陌生，感谢您在我的 fopaux 上给我打电话。我曾尝试使用 seaborn、matplotlib 和 bokeh，但它们似乎都遇到了相同的错误（即，我的折线图上的每个点都被视为它们是连接的，而不是表示来自多条线的数据）。我将更新我的问题，详细说明我尝试了什么以及输出是什么。谢谢。我并不是说我在向社区寻求帮助，而是说我迫切需要帮助。我很抱歉它是那样的。
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不用担心，是的，如果你可以用你的方法更新你的问题，这通常会指导答案，因为它显示了你正在采取的方法/策略，也许有人会发现错误。
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@halfer 我刚刚添加了 3 个我编写的代码示例、输出以及它们与我想要完成的内容有何不同。我还稍微缩短了我的散文，并尝试删除一些不必要的细节。我希望这更符合后期的预期。再次感谢，希望这将使志愿者更容易提供帮助。
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伟大的努力，这就是我们希望看到的。我自己不能就这个话题提出建议，但这看起来是很好的准备。
标签： python pandas matplotlib plot subplot