将数据框转换为列表答案

【问题标题】：Convert data frame to list将数据框转换为列表
【发布时间】：2013-09-26 05:45:50
【问题描述】：

我正在尝试从数据框转到 R 中的列表结构（从技术上讲，我知道数据框是列表）。我有一个包含参考化学品及其机制不同目标的数据框。例如，雌激素是一种雌激素受体激动剂。我想要将数据框转换为列表，因为我厌倦了输入以下内容：

refchem$chemical_id[refchem$target=="AR" & refchem$mechanism=="Agonist"]

每次我需要访问特定参考化学品列表时。我更愿意通过以下方式获取化学品：

refchem$AR$Agonist

我正在寻找一个通用的答案，尽管我给出了一个简化的示例，因为并非所有目标都具有所有机制。

这很容易通过循环来完成：

example <- data.frame(target=rep(c("t1","t2","t3"),each=20),
                      mechan=rep(c("m1","m2"),each=10,3),
                      chems=paste0("chem",1:60))
oneoption <- list()
for(target in unique(example$target)){
  oneoption[[target]] <- list()
  for(mech in unique(example$mechan)){
    oneoption[[target]][[mech]] <- as.character(example$chems[ example$target==target & example$mechan==mech ])
  }
}

我只是想知道是否有更聪明的方法来做到这一点。我尝试使用lapply 并没有取得任何进展。

【问题讨论】：

标签： r list dataframe apply

【解决方案1】：

使用split:

split(refchem, list(refchem$target, refchem$mechanism))

应该做的伎俩。

新的访问方式是refchem$AR.Agonist

【讨论】：

谢谢！这主要是我一直在寻找的。有没有办法删除没有任何条目的因子而不在 drop 参数中手动列出它们？
既然drop 是合乎逻辑的，你可以设置drop=TRUE 和R 应该为你做。

【解决方案2】：

您也可以使用plyr 函数：

library(plyr)
dlply(example, .(target, mechan))

如果需要，它具有使用函数处理数据的额外优势（上面有一个隐含的identity）。

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您改为使用键控 data.table，...

您仍将所有数据保存在一个 data.frame 中（而不是一个可能嵌套的多个列表）；
您可能会发现对这些子集进行迭代会更好；和
语法很简洁：

访问子集：

DT[.('AR','Agonist')]

要为每个组做某事，结果将是rbinded：

DT[,{do stuff},by=key(DT)]

类似于aggregate()，任何正确长度的向量列表都可以进入by，而不仅仅是键。

最后，DT 来自...

 require(data.table)
 DT <- data.table(refchem,key=c('target','mechanism'))

【讨论】：

我一直在推迟学习 data.table 包。应该是时候了。
@dayne 我也这样做了很长时间 - 但知道这是我用 R 做过的最好的决定。我曾经有一个 150 行代码的函数，现在运行它需要 5 分钟运行时间为 15 秒，占用 25 行代码。