创建一个依赖于位于 GitHub 上的另一个 R 包的 R 包答案

【问题标题】：Create an R package that depends on another R package located on GitHub创建一个依赖于位于 GitHub 上的另一个 R 包的 R 包
【发布时间】：2015-08-10 04:24:47
【问题描述】：

我正在 GitHub 上创建一个 R 包，LW1949，它依赖于 GitHub 上的另一个 R 包，jvamisc。当我尝试使用

安装 LW1949

require(devtools)
devtools::install_github("user/LW1949")

我收到消息：Skipping 1 packages not available: jvamisc。

如何将 LW1949 包（在 NAMESPACE 中）的 import(jvamisc) 部分指向 Github 而不是 CRAN 以查找此依赖项？

这个问题之前肯定有人问过和回答过，但是我没有成功搜索（可能是因为搜索词太常见了——R、package、GitHub等）。我确实偶然发现了Travis CI 和Packrat，我都没有使用过。不知道他们是否会提供帮助。我希望尽可能简单的修复。（我们都不会吗？）

我在 R Studio 版本 0.98.1103 中使用 R 版本 3.1.3 for Windows。

【问题讨论】：

类似的问题刚刚在 r-pkg-devel 上提出。如果您在 github 上创建一个 drat 存储库，您显然可以在您的 DESCRIPTION 文件的 Additional_repositories 字段中指定它。
嗨，让。很高兴在 SO 上见到你。当存在相互依赖的 CRAN 和 BioC 包的混合时，还需要附加设施选项，但现在您可以在选项中指定 repos 的搜索列表：options("repos") 另请参阅?setRepositories
您可能希望分叉项目并链接到您的包中的项目...以防原始用户以破坏您的包的方式删除/更改它。
您可以查看drat 包，它使创建存储库和从存储库安装都很容易。
@NealFultz 这似乎仅用于R CMD check 目的，请参阅r-ext。我已经尝试为 gh package on drat 设置它，导入另一个 gh package on drat 和其他一些在 CRAN 上。它没有使用Additional_repositories 元数据，而是抛出dependencies not available 错误。

标签： r github package

【解决方案1】：

这个问题似乎最近才得到解答，在 devtools 的 github 存储库的 this issue 中得到解决。

包开发者 POV：

做：

usethis::use_package("jvamisc")
devtools::document()

在您的DESCRIPTION文件的Imports字段中添加依赖项。

在DESCRIPTION文件中手动添加一个字段“Remotes：”，指定在github上R应该在哪里寻找包：
```
#in DESCRIPTION
Imports: ...,
  jvamisc,
  ...
Remotes: JVAdams/jvamisc
```

最终用户 POV：

最终用户必须拥有最新的 devtools 开发版本（或至少与提交 #f21ca3516c 对应的版本）。你必须以某种方式“强迫他”更新他的 devtools 版本（我想只是把它放在安装说明中......想不出更好的方法）
```
devtools::install_github(“hadley/devtools”, ref = “f21ca3516c”)
```
在卸载/重新加载 devtools 包时重新启动 R 会话。

照常做install_github:

require(devtools)
devtools::install_github("user/LW1949")

我猜这个功能迟早会添加到 devtools 的 CRAN 版本中，因此用户无需获取 dev 版本，他会直接进入第 3 步）。

this vignette 中详细介绍了步骤和其他选项。

【讨论】：

【解决方案2】：

实际的解决方案似乎是在您的说明文件中添加该行

Remotes: hadley/testthat

查看 devtools 的文档：

# Git
Remotes: git::https://github.com/hadley/ggplot2.git

# Bitbucket
Remotes: bitbucket::sulab/mygene.r@default, dannavarro/lsr-package

# Bioconductor
Remotes: bioc::3.3/SummarizedExperiment#117513, bioc::release/Biobase

# SVN
Remotes: svn::https://github.com/hadley/stringr

# URL
Remotes: url::https://github.com/hadley/stringr/archive/master.zip

# Local
Remotes: local::/pkgs/testthat

# Gitorious
Remotes: gitorious::r-mpc-package/r-mpc-package

【讨论】：