【问题标题】:R Packrat Fails to load private libraryR Packrat 无法加载私有库
【发布时间】:2016-10-01 18:33:21
【问题描述】:

我使用 R 开发了一个解决方案,并希望将其传输到没有 Internet 连接的生产服务器 (CentOS 7) 来安装软件包。为了方便安装包,我使用 packrat 将我在 R 脚本中使用的包捆绑到项目中。

使用 packrat::bundle(),我创建了项目的 tar 文件并将文件移动到服务器并解压缩 zip 文件。

根据 Blogger 中的post,一旦我打开项目,When R is started from that directory, Packrat will do its magic and make sure the software environment is the same as on the source machine.

但是,当我在 Server 中打开项目(使用 R-Studio Server 0.99)时,没有任何反应,并且会引发未知包的错误。

当手动执行“packarat/init.R”文件时会抛出以下错误

ensurePackageSymlink(源,目标)中的错误:

目标'/home/R_Projects/prjName/packrat/lib-R/base'已经存在并且不是符号链接

【问题讨论】:

    标签: r centos7 rstudio-server


    【解决方案1】:

    嗯,我发现了问题并解决了。符号链接错误与 centOS 有关(与 R 无关)。我只是简单地删除了

    中的所有文件夹

    /home/R_Projects/prjName/packrat/lib-R

    因为这些文件夹存在,packrat 无法在 lib-R 文件夹中创建同名符号链接。如果我删除它们,它将创建一个指向 r 包所在的实际文件夹的链接(快捷方式)。

    希望对以后的读者有所帮助。

    【讨论】:

    • 在 MacOS 上遇到了同样的问题,当时我刚刚启用了 packrat 并更新了一次。删除非符号链接并重新初始化项目修复它。
    • 太棒了。感谢分享。
    • 正如@Ruben 指出的那样,在一些操作系统上看起来像这样或类似的错误(我在 Fedora 上也看到过)。我已经评论了这个 GitHub 问题,寻求指导:github.com/rstudio/packrat/issues/228#issuecomment-319855165
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