【问题标题】:Running R code via Rstudio on a remote server not by browser通过 Rstudio 在远程服务器上运行 R 代码,而不是通过浏览器
【发布时间】:2019-11-11 16:14:36
【问题描述】:

有没有办法在我的机器上使用本地 Rstudio 安装,它实际上在远程服务器上运行代码,我可以通过 SLURM 运行分布式作业? 能不能兼容版本控制和dockers?

【问题讨论】:

  • 当然,但这与 RStudio 几乎没有关系——根据需要设置 slurm(包括 ssh 密钥),并且只需将作业 从命令行 设置为一个使用这些工具。
  • 我打算使用 rslurm 包直接从 R 运行 slurm 命令,所以我需要我的 Rstudio 直接在服务器上运行它的代码。你说的符合这个吗?
  • 您可以使用 rslurm 在 RStudio 本地创建提交所需的脚本(请参阅 submit 设置为 FALSE 的小插图部分),然后移动文件夹(更好的是 - 使用版本控制拉它)到 SLURM 头节点并在命令行上提交作业。或者,您可以在服务器头节点上使用 rslurm,即使没有 RStudio,也可以通过从命令行运行 R 来实际提交作业。
  • 为什么不通过浏览器?远程桌面可以完成这项工作吗?
  • 您可以在远程机器上使用 RStudio。它不是最好的(根据我自己的经验,有点慢),但如果你想尝试,可以查看这些说明here

标签: r rstudio hpc slurm rstudio-server


【解决方案1】:

remoter 包可以很好地完成您想做的事情。您在远程服务器上启动 R 并运行 remoter :: server(showmsg=TRUE)。然后在您本地的 RStudio 中运行 remoter :: client ()。工作得相当完美。

我的主要问题是,当您运行帮助时,它来自控制台中的远程会话,而不是帮助窗口。

https://cran.r-project.org/web/packages/remoter/vignettes/remoter.pdf

【讨论】:

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