将 R 升级到 3.6 - 无法加载 utils 包

Question

我正在尝试在一个相当旧的 ubuntu xenial 版本上将 R 从 3.4.4 升级到 3.6.0。

我按照以下说明操作：here

这是我采取的步骤：

1. sudo apt-get remove r-base-dev
2. echo 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/' | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
3. sudo apt-get 更新
4. sudo apt-get install r-base-dev

我的 R 版本更新到 3.6，但是，每当我在控制台中启动 R 时，我都会收到以下消息：

Error: package or namespace load failed for ‘utils’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: file(con, "r")
  error: cannot open the connection
Error: package or namespace load failed for ‘stats’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: file(con, "r")
  error: cannot open the connection
During startup - Warning messages:
1: In file(con, "r") :
  cannot open file '/etc/os-release': Permission denied
2: package ‘utils’ in options("defaultPackages") was not found
3: In file(con, "r") :
  cannot open file '/etc/os-release': Permission denied
4: package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found

这是 /etc/os-release 的输出。我对 666 做了 chmod，但没有任何改变。

NAME="Ubuntu"
VERSION="14.04.5 LTS, Trusty Tahr"
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
PRETTY_NAME="Ubuntu 14.04.5 LTS"
VERSION_ID="14.04"
HOME_URL="http://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="http://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="http://bugs.launchpad.net/ubuntu/"

这是我的 libPaths 的输出。

> .libPaths()
[1] "/home/myuser/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

我无法在 R 中安装任何软件包。任何帮助将不胜感激。

仅供参考 - 机器上安装了一个我根本没有接触过的 rstudio 服务器。

Answer 1

好的，所以我做了以下操作：

1. 卸载以前的版本 - sudo apt-get remove r-base-dev
2. 从源下载 - wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.0.tar.gz
3. 遵循这些说明here
4. 设置路径后，我启动了 R，但它仍然无法正常工作，但我意识到它正在查看 /usr/bin/R，由于某种原因，它可能不是正确的二进制文件。
5. 我删除了这个文件并创建了一个指向全新安装的符号链接 - sudo ln -s /opt/R/3.6.0/bin/R /usr/bin/R
6. 然后它就像一个魅力。

仅供参考 - 在前面的步骤中，我已经停止了 rstudio-server，以防万一它没有保持任何文件锁定。后来我重新看了一遍，一切都很好。