无法从 Github 安装“Velocyto.R”答案

【问题标题】：Unable to install 'Velocyto.R' from Github无法从 Github 安装“Velocyto.R”
【发布时间】：2020-09-27 01:43:02
【问题描述】：

我是 R 的初学者试图在 R studio 中使用 velocyto.R 分析我的 scRNA-seq 数据。按照 velocyto 教程，我尝试安装 velocyto.R，如下所示：

library(devtools)
install_github("velocyto-team/velocyto.R")

但是，弹出一个错误：

ERROR: compilation failed for package 'velocyto.R'

removing 'C:/Users/USER/Documents/R/win-library/3.6/velocyto.R'
Error: Failed to install 'velocyto.R' from GitHub:
(converted from warning) installation of package ‘C:/Users/USER/AppData/Local/Temp/RtmpukpRFl/file37346a812b86/velocyto.R_0.6.tar.gz’ had non-zero exit status

有没有人面对上述同样的问题并最终成功解决它？我迫切需要帮助！

谢谢

【问题讨论】：

您是否安装了 Rtools？ install.packages("jsonlite", type = "source") 是否在您的系统上成功运行？
@Roland 感谢您的友好评论。但是是的..我已经安装了 Rtools 并且 install.packages("jsonlite", type = "source") 在我的系统上运行良好。我还有其他方法可以尝试吗？

标签： r devtools rtools

【解决方案1】：

正如您的错误日志所说 C:/...，您可能使用的是 Windows。根据 velocyto 的README 看来，这个包似乎只能在带有C++11、Open MP、boost、igraph 和hdf5c++ 库的unix-flavored 系统上运行。

这可能是问题所在：阅读 velocyto 的 GitHub 问题 #40，也许您需要在 WSL 下运行它...？

【讨论】：

啊，我错过了这一点...谢谢！让我尝试在 WSL 下运行 velocyto。