使用带有自定义临时目录的 install.packages答案

【问题标题】：Using install.packages with custom temp dir使用带有自定义临时目录的 install.packages
【发布时间】：2013-07-24 08:40:01
【问题描述】：

我想安装一个安全配置文件的包，该配置文件无权访问/tmp，但有自己的临时目录，例如/tmp/jeroen。然而，即使我尝试传递TMPDIR 环境变量，它仍然失败，因为它尝试使用/tmp。下面是一个使用RAppArmor 和unixtools 的玩具示例（有关测试配置文件，请参见here）

> library(RAppArmor)
> library(unixtools)

> dir.create("/tmp/jeroen")
> set.tempdir("/tmp/jeroen")
> setwd(tempdir());

> aa_change_profile("r-test")
Switching profiles...

> print(tempdir());
[1] "/tmp/jeroen"

> install.packages("plyr", lib="/tmp/jeroen", configure.vars="TMPDIR=/tmp/jeroen")
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/plyr_1.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 384462 bytes (375 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 375 Kb

Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/jeroen/downloaded_packages’

查看kern.log 文件（记录安全消息）时，发现问题在于R CMD INSTALL 仍然尝试使用被拒绝的/tmp：

Jul 24 19:41:34 Jeroen-Antec kernel: [16270.696805] type=1400 audit(1374687694.097:599):
apparmor="DENIED" operation="mkdir" parent=5798 profile="r-test" name="/tmp/RtmpcUOJuQ/"
pid=5802 comm="R" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=1000 ouid=1000

有什么方法可以让R CMD INSTALL 改用/tmp/jeroen？

【问题讨论】：

如果您要设置 TMPDIR 环境变量，我相信您必须在启动 R 时（或在 .Renviron 文件中）进行设置。例如你需要像这样启动 R TMPDIR="/tmp/jeroen" R
FWIW，install.packages 对tempdir() 进行了 2 次调用；它可能有助于检查它何时被调用
@GSee 我希望configure-vars 选项能解决这个问题。该进程无权编辑.Renviron
虽然我不知道这种特殊情况，但过去我不得不竭尽全力解决这个问题（从脚本中重新启动 R）。这是一个相关的R-devel post
@Jeroen 使用Sys.setenv() 在您的脚本中设置（然后重置）。环境变量由子进程继承。

标签： r cran devtools

【解决方案1】：

@hadley 在 cmets 中给出了正确答案：为了确保 install.packages 使用自定义临时目录，需要这样做

Sys.setenv(TMPDIR="/tmp/jeroen")

除了：

configure.vars="TMPDIR=/tmp/jeroen"

这样解压和安装包都避免了系统或用户默认的临时目录。

【讨论】：

【解决方案2】：

help(tempdir) 中的文档非常清楚地表明使用了 TMP、TMPDIR、...：

默认情况下，“tmpdir”将是“tempdir()”给出的目录。这将是每个会话临时目录的子目录在 R 会话启动时通过以下规则找到。这已签入环境变量“TMPDIR”、“TMP”和“TEMP” 转而找到的第一个指向可写目录的是 used：如果没有成功，则使用'/tmp'。

所以如果单独设置一个没有帮助，也许你想设置几个，并确保你的“替换目录”的权限足够允许等等。

【讨论】：

但是我在哪里/如何设置这些？ configure-vars 没有帮助，因为它仅在调用 ./configure 时使用。提取package.tar.gz时，问题出现得更早。
系统范围（/etc/bash.bashrc 或 /etc/profile）或应用程序范围（$RHOME/etc/Renviron），每个用户同上。 Windoze 具有类似的系统范围设置。您也可以尝试TEMPDIR=/foo TMP=/foo R CMD INSTALL ... 等 pp。如您所知，有一整本手册专门用于此。