R cran 无法从 devtools 的 install_github 递归安装依赖项

Question

我尝试使用 Windows 7 测试我在 Ubuntu 16.04 上开发的包。对于这两个平台，我都在 R 3.3.1 上工作（但我也在 3.3.0 上测试）。

我的包保存在我的 GitHub 存储库 (https://github.com/charlottesirot/elementR) 上。当我从 Ubuntu 运行此命令时，没有问题发生：

    library(devtools)
    install_github("charlottesirot/elementR", dependencies = T , force = T)

但是对于 Windows 7，我有以下答案：

从 URL 下载 GitHub repo charlottesirot/elementR@master https://api.github.com/repos/charlottesirot/elementR/zipball/master 安装 elementR "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/bin/i386/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD \ INSTALL \ "C:/Users/Cha/AppData/Local/Temp/RtmpUX1GVA/devtoolsa907a336b/charlottesirot-elementR-103e064" \ --library="C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3" --安装测试

• 正在安装源码包'elementR' ... ** R ** 安装 ** 为延迟加载准备包 loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) 中的错误：没有 名为“XML”的包错误：包“elementR”的延迟加载失败
• 删除“C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/elementR”错误：命令失败 (1)

据我了解，R 尝试安装我的包的依赖项（例如 Shiny...），但它无法安装依赖项的依赖项（例如来自 gnumeric 包的 XML）

因此我尝试手动安装 XML，认为 XML 可能存在问题，然后：

• 正在安装源码包'elementR' ... ** R ** 安装 ** 为延迟加载准备包 loadNamespace(j
• 删除“C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/elementR”

我不能手动安装所有的包，没有意义！！！

此外，当我尝试一些比我的包更神秘的东西时，我认为我的代码可能会出错：

install_github("hadley/ggplot2", force = T)

• 正在安装 source 包 'ggplot2' ... ** R ** 数据 *** 将数据集移动到延迟加载数据库 ** 安装 ** 测试 ** 为延迟加载准备包 loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) 中的错误：没有名为“assertthat”的包错误：包的延迟加载失败'ggplot2'
• 删除“C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/ggplot2”
• 恢复以前的“C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/ggplot2”错误：命令失败（1 )

我认为 install_github 有问题？？？ 你怎么看？？

这是我的命名空间：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")

importFrom(R6, R6Class)
importFrom(shinyjs, colourInput)
importFrom(shinyjs, delay)
importFrom(shinyjs, useShinyjs)
importFrom(gnumeric, read.gnumeric.sheet)
importFrom(abind, abind)
importFrom(tcltk2, tk2text)
importFrom(gdata, read.xls)
importFrom("readODS", read.ods)
importFrom("grDevices", "bmp", "colorRampPalette", "dev.off", "jpeg",
             "png", "rainbow", "tiff")
importFrom("graphics", "abline", "layout", "legend", "mtext", "par",
             "plot", "points", "rect", "text", "title")
importFrom("stats", "sd")
importFrom("utils", "read.table", "write.csv", "write.table")

import(shinydashboard, shiny, stringr, lmtest, reader, devtools, tcltk)

对我来说，这看起来不错，但你觉得呢？

我在网上看了很多文章，但我只发现一条消息与我的情况完全相同，但信息量不足： Cannot install "flexdashboard package"

我完全被困在这一点上，我想就这个问题得到你的帮助。

提前谢谢你verrrrrry！！

CHa

Answer 1

最近，我遇到了类似或可能相关的问题。事实证明，devtools install_github 中有一个错误，尽管 dependecies=TRUE 没有正确安装依赖项。看看：Does install_github recursively install dependencies? 如果问题仍然存在，最好直接通过作者的 github 存储库联系作者。

另外，我刚刚观察到 Windows 更新后出现的另一个问题，在此期间似乎已更改权限以将软件包下载或更新到个人 Win 用户库而不是“默认”R 库文件夹。我怀疑 devtools 似乎因此丢失了哪些软件包已加载或在哪个版本中可用。全新的 R 重新安装（即库文件夹清理）解决了该问题，但这可能并不总是方便。