【问题标题】:I am trying to use install_github in devtools package but failing我正在尝试在 devtools 包中使用 install_github 但失败了
【发布时间】:2021-04-09 05:50:42
【问题描述】:

我从 2015 年初开始在 macbook pro 上使用 Sierra MacOS 10.12.6 并运行 rstudio 1.2.5033 和 R 4.0.3。谁能告诉我如何解决这个问题?

首先我收到以下错误:

使用来自 envvar GITHUB_PAT 的 github PAT 错误:无法从 GitHub 安装“未知包”: HTTP 错误 401。 凭据错误

然后我通过以下方式取消设置此 PAT Sys.unsetenv("GITHUB_PAT")

但是,现在我得到了另一个错误,如下例所示,并且在安装任何 github 包时都会发生这种情况,几乎相同,甚至是下面的“第 34 行”。 dyld 符号绑定和符号未找到错误总是发生,我也总是在文件(con,“r”)中得到相同的警告。这个dyld错误似乎与我的操作系统小于10.13有关

我想这可能会回答这个问题,但实际上我需要更新操作系统吗?

下载 GitHub 代码库 jeremyrcoyle/gentmle2@HEAD ✓ 检查文件'/private/var/folders/vf/l0sx2pbj71jdsknd5dq5p2c00000gp/T/Rtmp1Z3KtE/remotes3db121f76e4/jeremyrcoyle-gentmle2-20d253b/DESCRIPTION' ... ─ 准备“gentmle2”: ✓ 检查说明元信息... 文件中的警告(con,“r”): 无法打开文件'/var/db/timezone/zoneinfo/+VERSION':没有这样的文件或目录 ─ 检查源代码中的 LF 行尾并生成文件和 shell 脚本 ─ 检查空目录或不需要的目录 ─ 构建‘gentmle2_0.1.0.9000.tar.gz’

dyld:惰性符号绑定失败:未找到符号:_utimensat 引用自:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libR.dylib(专为 Mac OS X 10.13 构建) 预期在:/usr/lib/libSystem.B.dylib

dyld:未找到符号:_utimensat 引用自:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libR.dylib(专为 Mac OS X 10.13 构建) 预期在:/usr/lib/libSystem.B.dylib

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/INSTALL:第 34 行:2818 完成 echo 'tools:::.install_packages()' 2819 中止陷阱:6 | R_DEFAULT_PACKAGES= LC_COLLATE=C "${R_HOME}/bin/R" $myArgs --no-echo --args ${args} 错误:无法从 GitHub 安装“gentmle2”: (从警告转换)包“/var/folders/vf/l0sx2pbj71jdsknd5dq5p2c00000gp/T//Rtmp1Z3KtE/file3db4fb67c07/gentmle2_0.1.0.9000.tar.gz”的安装具有非零退出状态

【问题讨论】:

  • 作为测试,也许是 git clone 到本地,R CMD build 然后 R CMD INSTALL。
  • 可以,我可以在本地安装没问题。

标签: r github installation package devtools


【解决方案1】:

根据 R 下载页面,R 版本 4.xx 需要 macOS 10.13 或更高版本。您的两个选择是更新您的操作系统或下载并安装旧版本的 R e.g. R-3.6.3.nn.pkg (https://cran.r-project.org/bin/macosx/)

【讨论】:

  • 谢谢。所以答案似乎是“是”我需要更新操作系统,因为我不想在 R 版本中倒退。
  • 很抱歉,这不是您要找的答案,但我看不出解决办法。祝你好运
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