如何在DESCRIPTION中自动添加/更新Depends/Imports/Suggests版本？

Question

我喜欢让我的 R 包保持最新，在开发我自己的包时，我想坚持@Hadley 的advice：

通常，最好指定版本并保守地确定需要哪个版本。除非您另有了解，否则请始终要求版本大于或等于您当前使用的版本。

所以，我需要DESCRIPTION 中的一些：

Imports:
 knitr (>= 1.13),
 rmarkdown (>= 1.0)

是否有现成的工具可以根据我当前安装的包以编程方式更新依赖项的版本？

我知道这是一件小事，我可以手动完成，但我只知道这是很容易忘记的事情。

使用 本地 安装的软件包版本作为最低依赖项似乎也很有意义，因为我使用这些依赖项进行了测试/构建。

我有理由不这样做吗？

Answer 1

另一个选项是使用usethis 包，尽管这实际上会立即覆盖描述文件，所以不确定是否总是需要这样做

# use overwrite = TRUE to update dependencies with version numbers
usethis::use_latest_dependencies(overwrite = TRUE, source = "CRAN")

Answer 2

这应该按照你的要求去做（好吧，你仍然需要将输出剪切/粘贴到DESCRIPTION :-)

#' Add curent version string to package dependencies
#'
#' Will \code{cat} out a cut/paste-able set of fields for a
#' \code{DESCRIPTION} file with minimum required versions for
#' each package based upon currently available package vesions
#' in CRAN.
#'
#' @param pkg package description, can be path or package name
#' @param fields fields to get & report dependencies for
#' @note R and the R version is NOT added to \code{Depends}
#' @examples
#' add_pkg_versions("qmethod")
#' add_pkg_versions("MASS")
#' \dontrun { # assumes you're in a pkg devel dir
#' add_pkg_versions()
#' }
add_pkg_versions <- function(pkg=".",
                             fields=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests")) {

  require(purrr)
  walk(c("dplyr", "tools", "stringi", "devtools"), require, character.only=TRUE)

  stopifnot(is_scalar_character(pkg), pkg != "")
  fields <- match.arg(fields, c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests"),
                      several.ok=TRUE)

  avail <- as_data_frame(available.packages())

  if (pkg == ".") {
    pkg_deps <- unclass(as_data_frame(read.dcf(file.path(package_file(), "DESCRIPTION"))))
    pkg <- pkg_deps$Package
    map(fields, ~stri_split_lines(pkg_deps[[.]])) %>%
      map(function(x) {
        if (length(x) > 0) {
          unlist(x) %>%
            stri_replace_all_regex(" \\(.*$|,", "") %>%
            discard(`%in%`, c("", "R"))
        } else { x }
      }) -> pkg_deps
    names(pkg_deps) <- fields
  } else {
    pkg_deps <- map(fields, ~flatten_chr((package_dependencies(pkg,  which=.))))
    names(pkg_deps) <- fields
  }

  pkg_deps <- discard(pkg_deps, function(x) {length(x)==0})

  map(pkg_deps, function(x) {

    non_base <- filter(avail, Package %in% x)
    base <- setdiff(x, non_base$Package)

    non_base %>%
      mutate(pv=sprintf("%s (>= %s)", Package, Version)) %>%
      select(pv) %>%
      flatten_chr() -> pkg_plus_version

    sort(c(pkg_plus_version, base))

  }) -> pkg_deps

  cat("Package: ", pkg, "\n", sep="")
  walk(names(pkg_deps), function(x) {

    cat(x, ":\n", sep="")
    sprintf("    %s", pkg_deps[[x]]) %>%
      paste0(collapse=",\n") %>%
      cat()
    cat("\n")

  })

}

你的一个包裹：

add_pkg_versions("qmethod")

Package: qmethod
Imports:
    digest (>= 0.6.10),
    GPArotation (>= 2014.11-1),
    knitr (>= 1.13),
    methods,
    psych (>= 1.6.6),
    tools,
    xtable (>= 1.8-2)

只是为了表明处理了边缘情况：

add_pkg_versions("MASS")

Package: MASS
Depends:
    graphics,
    grDevices,
    stats,
    utils
Imports:
    methods
Suggests:
    lattice (>= 0.20-33),
    nlme (>= 3.1-128),
    nnet (>= 7.3-12),
    survival (>= 2.39-5)