【发布时间】：2019-05-13 02:36:24
【问题描述】：
我正在使用开发工具从 R 中的 github 安装一个包（链接：https://github.com/aliceyiwang/mvabund）。我已经安装了 Rtools，使用另一个包的说明（这里：https://cran.r-project.org/web/packages/dynr/vignettes/InstallationForUsers.pdf）并且那里的所有检查都表明 GSL 和 RTools 安装正确。
我已经设置了 Windows 系统环境变量 LIB_GSL（"C:/R/local323"）和 PATHS（"C:/RTools/bin/", "C:/RTools/mingw_64/bin", "C:/R/R-3.5.1/bin"）
我还在安装包之前在 R 中运行以下代码：
Sys.setenv("LIB_GSL" = "C:/R/local323")
Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")
Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "C:/RTools/bin/",
"C:/RTools/mingw_64/bin", "C:/R/R-3.5.1/bin", sep = ";"))
问题：
当我跑步时：
devtools::install_github("aliceyiwang/mvabund")
代码启动良好并开始安装包。然而，当这种情况发生时，就会有一点：
[...excluded very long list of undefined references like that below...]
summary.o:summary.cpp:(.text+0x194c): undefined reference to `gsl_vector_free'
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status
no DLL was created
ERROR: compilation failed for package 'mvabund'
* removing 'C:/R/R-3.5.1/library/mvabund'
In R CMD INSTALL
Error in i.p(...) :
(converted from warning) installation of package ‘C:/Users/Joshua/AppData/Local/Temp/RtmpsPp5oY/file2154340c11f8/mvabund_4.0.tar.gz’ had non-zero exit status
我的猜测是，在某个地方，这些函数的某些路径没有被正确定义。我究竟做错了什么？
我的会话信息是
> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252 LC_MONETARY=English_Australia.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Australia.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] usethis_1.4.0 devtools_2.0.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.0 rstudioapi_0.8 magrittr_1.5 pkgload_1.0.2 R6_2.3.0 rlang_0.3.0.1
[7] tools_3.5.1 pkgbuild_1.0.2 sessioninfo_1.1.1 cli_1.0.1 withr_2.1.2 remotes_2.0.2
[13] yaml_2.2.0 assertthat_0.2.0 digest_0.6.18 rprojroot_1.3-2 crayon_1.3.4 processx_3.2.1
[19] callr_3.1.0 fs_1.2.6 ps_1.2.1 curl_3.2 testthat_2.0.1 memoise_1.1.0
[25] glue_1.3.0 compiler_3.5.1 desc_1.2.0 backports_1.1.2 prettyunits_1.0.2
>
【问题讨论】：
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只是猜测，但您通常必须在 R 之外设置环境变量（即“系统级别”），然后重新启动 R 才能生效。另请注意，i）
mvabund在 CRAN 上 ii）您可以从 CRAN 安装它 iii）它几乎是使用 Rcpp 的最古老的软件包，所以我们有将近 10 年的时间来完成这项工作 iv）它在 win-builder 上可靠地工作在 CRAN 上。所以无论有什么问题都在你身边——也许是时候重新审视 R 手册“编写 R 扩展”和“安装和管理”以及 winbuilder 等关于 GSL 和变量的内容了。在 Linux 上一切正常...... -
感谢您的评论 - 我意识到我可以从 CRAN 安装 mvabund，但它没有最新版本。我已经在 R 外部设置了环境变量，然后重新启动了 R。然后我也在 R 内部设置了环境变量。不幸的是，Linux 对我没有好处。
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我会回溯并移除移动部件——标准调试技巧。一旦
install.packages("mvabund")工作，我相信所需的GH 安装也会。在此之前，您目前正在与我无法接受的更多混淆层作斗争。 -
我用
install.packages("mvabund")安装了 mvabund，然后再次运行 github 安装。但是，同样的错误仍然存在...... -
我的想法。我忘记了您在 Windows 上，您可以从 CRAN 获得预构建二进制文件。所以这证明不了。回给你调试。尝试从 CRAN（或从本地 .tar.gz）安装源代码。