在我的 R 包中提供第三方库 [重复]答案

【问题标题】：Make third party library available in my R package [duplicate]在我的 R 包中提供第三方库 [重复]
【发布时间】：2014-03-26 01:12:59
【问题描述】：

我正在开发一个使用第三方函数的 R 包可在 Bioconductor 包“methyilumi”中获得

在一开始我的 R 包的代码中，我导入了methylumi library(methylumi)。

在开发过程中（我使用 roxygen2 和 devtools）一切正常。但是，当我安装包并运行我的功能时，我收到错误： could not find function "methylumIDAT".

如果我手动导入包当然一切都解决了，但是我该怎么做这样methylumi 在我加载自己的包时可用？

【问题讨论】：

“在我的包的代码中......库（甲基umi）”是什么意思？您的NAMESPACE 文件中有正确的导入吗？你读过R-exts 教程文件吗？
嗨，Carl，我确实阅读了 R-exts 教程，但我不得不承认并非所有内容对我来说都一清二楚。假设我在 R 文件夹中有我的主文件“mypackage.r”，我所做的是在文件顶部添加 library(methylumi)。我使用 roxygen2 生成 NAMESPACE（但没有用于 methyulimi 的行），也在我的说明文件中添加了一个 Depends 语句用于methylumi。
我也不是NAMESPACE 方面的专家，但请查看Rmpfr 包的文件以获取一些示例代码。 HTH :-)
你需要在“mypackage.R”中添加一个@import指令（你不需要library）。 roxygen2 将为您设置命名空间。您仍然需要在说明中添加导入条目。请参阅此 SO question。此外，请考虑使用 import 而不是依赖，因为 import 只会根据此 other SO Q/A 使包在您的包中可用。
嗨布罗迪，谢谢这确实有效！

标签： r package devtools roxygen2

【解决方案1】：

由于使用的是devtools，所以可以添加

devtools::use_package("methyilumi")

在控制台中，并在函数体中调用methyilumi::methylumIDAT。这样，包会自动列在DESCRIPTION 文件中的Imports 中。

本节提供了几种不同情况的说明： http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html#imports

【讨论】：

【解决方案2】：

这是通过 NAMESPACE 文件完成的，并且在DESCRIPTION 文件中也有说明。有几种方法可以在 NAMESPACE 中导入函数，但最简单的是 importFrom("[PACKAGE_NAME]",[FUNCTION_NAME)。然后，在DESCRIPTION中，将包名添加到imports中。

请参阅 Friedrich Leisch 的这个非常好的教程。

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf

【讨论】：