从 Github 安装 R 包时遇到问题答案

【问题标题】：Having issues installing an R package from Github从 Github 安装 R 包时遇到问题
【发布时间】：2018-04-19 19:32:02
【问题描述】：

请耐心等待我，因为我是个菜鸟，但我真的在努力学习。

我正在尝试为我的国家制作 choropleth 地图，并在 Github 上找到了一个可以很好地处理它的 R 包。但是，我在大学计算机上工作，除了 M://，我在任何驱动器上都没有写权限，所以每当包试图安装在 C:// 上时，它显然会引发错误。这不是问题，因为我可以在 install.packages 上指定一个 libpath 作为参数，但 devtools::install_github 似乎没有这样的参数。

我尝试过使用

with_libpaths(new = "M:\R\win-library\3.2", install_github('diegovalle/mxmaps'))

但我收到一条错误消息说

with_libpaths' 已弃用。请改用“withr::with_libpaths”。

我认为这意味着我需要安装“withr”包才能使用它？但是，在尝试安装该软件包时，我不断收到错误消息。首先，我得到了

install.packages 中的警告：安装包‘withr’有非零退出状态

因为无法访问 C:// 问题。我通常通过直接从二进制文件安装来绕过这个，但是当我尝试它时它告诉我

“install.packages 中的警告：包‘withr’不可用（对于 R 版本 3.2.2)"。

除了更新我的 R 版本（这将是一个噩梦，因为我在这台机器上没有安装权限），我还能如何安装 withr 或找到另一种方法来指定从 github 安装包的目录?

【问题讨论】：

您是否收到一个小窗口，询问它是否可以使用您的个人文档文件夹而不是默认文件夹？如果您只单击“是”，它将安装在您有权访问的文档文件夹中。
你可以试试install_github("diegovalle/mxmaps", lib="M:\R\win-library\3.2")。
@amrrs 不，我没有得到任何这样的窗口。如果有帮助，我正在使用 RStudio。
@StéphaneLaurent 我确实尝试过，但收到一条错误消息，因为 install_github 似乎无法识别 lib 参数并尝试安装到 C://

标签： r github devtools

【解决方案1】：

我建议你使用最新版本的 3.4。所有上述软件包都在最新版本下可用。

【讨论】：

【解决方案2】：

设置本地库路径的两种方法（至少在运行 R 3.5.3 的 Linux 上）：

(1) 在脚本的开头，将 .libPaths 选项设置为本地库路径，即：.libPaths("M:\R\win-library\3.2")

(2) 在 .Renviron 文件中添加指定本地库路径的行：即：R_LIBS="M:\R\win-library\3.2"

注意：对于（1）每次启动新的 R 会话时都需要手动运行，而（2）会在 R 启动时自动设置。

【讨论】：

更新。我在更多测试中发现了这一点：在安装新软件包期间，R_LIBS 变量必须与您设置的 .libPaths 相同，因为 R 在安装依赖项时似乎会查看 R_LIBS 路径，然后不会如果 R_LIBS 与您设置的 .libPaths 不同，则在加载目标包时发现。我相信这可能是一个错误（如果您也在使用 R_LIBS，那么在安装软件包之前调用 .libPaths 将毫无用处 - 只需使用 R_LIBS。我没有测试在安装过程中调用 .libPaths 而不使用 R_LIBS 是否可以）。