如何让ggplot2 geom_bar按其因子水平而不是默认排序来绘制轴

Question

我想在 ggplot2 中制作一个条形图，并让 ggplot2 按照我在 Day44$Sample 列中提供的顺序绘制我的 X 轴。这是一个例子（我的真实数据在 Day44$Sample 列中有 59 个因子水平。

Day44 <- data.frame(Sample = c(rep(6, 3), rep(8, 5), rep(12, 8), rep(100, 7), rep("41*", 3), rep("198*", 5)),
                Phylum = c(rep("Proteobacteria", 3), rep("Actinobacteria", 5), rep("Firmicutes", 8), 
                          rep("Chloroflexi", 7), rep("Cyanobacteria", 3), rep("Bacteroidetes", 5)), 
                Rel_Abund = c(rep(2.2, 3), rep(0.15, 5), rep(0.047, 8), rep(1.2, 7), rep(0.33, 3), rep(4.5, 5)))

我已经读过，为了以与我的专栏相同的顺序绘制，我必须“告诉”ggplot2 我已经有一个有序因子 - 基于这篇文章：Avoid ggplot sorting the x-axis while plotting geom_bar()

关注帖子：

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = Day44$Sample)

当我收到以下错误时：

levels<-(*tmp*, value = as.character(levels)) 中的错误： 因子级别2 重复

所以，我找到了这个帖子：Warning when defining factor: duplicated levels in factors are deprecated

并遵循这条线索（省略帖子中推荐的sort，因为我不需要对其进行排序）：

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = unique(Day44$Sample)

然后我用它来绘制：

ggplot() + geom_bar(aes(x = Sample, y = Rel_Abund, fill = Phylum), data = Day44, stat = 'identity')

然而，它给了我一个不错的条形图；无论如何，x轴都是排序的。

这段代码提示我进入错误，它给出：

factor(unique(Day44$Sample))

6 8 12 100 41* 198*

等级：100 12 198* 41* 6 8

如何将其更改为我的级别与 Day44$Sample 的唯一值的顺序相同？

我知道我可以手动将它们放入，如下所示：

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = c("6", "8", "12", "100", "41*", "198*"))

生成我想要的确切图表，但这不切实际，因为我的真实数据有 59 个级别，而且我还必须使用多个其他图表来执行此操作。我永远不会手动完成此操作。

有什么建议吗？

Answer 1

如果您想根据它们在数据框中出现的顺序对因子水平进行排序，请使用forcats::fct_inorder：

Day44$Sample = forcats::fct_inorder(Day44$Sample)