我有一个 R 脚本，我希望能够为其提供几个命令行参数（而不是在代码本身中硬编码参数值）。该脚本在 Windows 上运行。
我找不到有关如何将命令行上提供的参数读入我的 R 脚本的信息。如果无法完成，我会感到惊讶，所以也许我只是没有在我的 Google 搜索中使用最好的关键字......
有什么建议或建议吗？
【问题讨论】：
标签： command-line r parameters
Dirk's answer here 是您所需要的一切。这是一个最小的可重现示例。
我制作了两个文件：exmpl.bat 和 exmpl.R。
exmpl.bat:
set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
%R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1
或者，使用Rterm.exe:
set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
%R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1
exmpl.R:
options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print(args)
# trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check:
# print(commandArgs(trailingOnly=FALSE))
start_date <- as.Date(args[1])
name <- args[2]
n <- as.integer(args[3])
rm(args)
# Some computations:
x <- rnorm(n)
png(paste(name,".png",sep=""))
plot(start_date+(1L:n), x)
dev.off()
summary(x)
将两个文件保存在同一目录中并启动exmpl.bat。结果你会得到：
example.png 有一些情节exmpl.batch 完成了所有工作你也可以添加一个环境变量%R_Script%:
"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
在你的批处理脚本中使用它作为%R_Script% <filename.r> <arguments>
RScript 和 Rterm 之间的区别：
Rscript 语法更简单Rscript 自动选择 x64 上的架构（详见 R Installation and Administration, 2.6 Sub-architectures）Rscript 需要在 .R 文件中使用 options(echo=TRUE)
【讨论】：
由于optparse 在答案中被多次提及，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例来说明如何使用它，假设输入文件存在：
script.R:
library(optparse)
option_list <- list(
make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
help="Count the line numbers [default]"),
make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
help="Multiply output by this number [default %default]")
)
parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)
args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args
if(opt$count_lines) {
print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}
给定一个包含 23 行的任意文件 blah.txt。
在命令行上：
Rscript script.R -h输出
Usage: script.R [options] file
Options:
-n, --count_lines
Count the line numbers [default]
-f FACTOR, --factor=FACTOR
Multiply output by this number [default 3]
-h, --help
Show this help message and exit
Rscript script.R -n blah.txt 输出 [1] "69"
Rscript script.R -n -f 5 blah.txt 输出 [1] "115"
【讨论】：
将此添加到脚本的顶部：
args<-commandArgs(TRUE)
然后你可以参考args[1]、args[2]等传递的参数。
然后运行
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
如果您的参数是包含空格的字符串，请用双引号括起来。
【讨论】：
我只是组合了一个很好的数据结构和处理链来生成这种切换行为，不需要库。我敢肯定它会被多次实现，并且遇到这个线程寻找示例 - 以为我会参与。
我什至没有特别需要标志（这里唯一的标志是调试模式，创建一个变量，我检查它作为启动下游函数if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)}) 的条件。下面的标志检查lapply 语句产生同：
if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args)
其中args 是从命令行参数读取的变量（一个字符向量，例如，当您提供这些参数时，相当于c('--debug','--help')）
它可用于任何其他标志，避免所有重复，并且没有库，因此没有依赖关系：
args <- commandArgs(TRUE)
flag.details <- list(
"debug" = list(
def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
flag = "--debug",
output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
def = "Display flag definitions",
flag = c("-h","--help"),
output = "cat(help.prompt)") )
flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
if (eval(parse(text = x))) {
return(T)
} else return(F)
}))
help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse=" "),
flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )
help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")
# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))
请注意，在flag.details 中，命令存储为字符串，然后使用eval(parse(text = '...')) 进行评估。 Optparse 显然适用于任何严肃的脚本，但有时功能最少的代码也很好。
样本输出：
$ Rscript check_mail.Rscript --help --debug 打印变量而不是执行函数 XYZ... -h --help 显示标志定义
【讨论】：
如果您需要指定带有标志的选项（如 -h、--help、--number=42 等），您可以使用 R 包 optparse（受 Python 启发）： http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf.
至少我是这样理解你的问题的，因为我在寻找等效的 bash getopt、perl Getopt、或 python argparse 和 optparse 时发现了这篇文章。
【讨论】：
在 bash 中，您可以构造如下命令行：
$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$
您可以看到变量$z被bash shell替换为“10”并且这个值被commandArgs拾取并输入args[2]，并且R成功执行了range命令x=1:10，等等等等。
【讨论】：
尝试 library(getopt) ...如果你想让事情变得更好。例如：
spec <- matrix(c(
'in' , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
'gc' , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
'out' , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
'help' , 'h', 0, "logical", "this help"
),ncol=5,byrow=T)
opt = getopt(spec);
if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
q();
}
【讨论】：
仅供参考：有一个函数 args()，它检索 R 函数的参数，不要与名为 args 的参数向量混淆
【讨论】：
你需要littler（读作'little r'）
Dirk 将在大约 15 分钟内详细说明；）
【讨论】：