安装 R 包时覆盖特定的编译器标志答案

【问题标题】：Override Specific Compiler Flags When Installing R Packages安装 R 包时覆盖特定的编译器标志
【发布时间】：2021-05-26 13:14:07
【问题描述】：

我有一个 R 脚本，它尝试安装许多包（全部省略，只显示一个）：

install.packages("zoo")

然后我跑

Rscript my_r.r

然后，我注意到它会尝试编译一些 C 代码：

gcc -m64 -std=gnu99 -I"/usr/include/R" -DNDEBUG -I../inst/include -I"/latest/rsg_comm/r_packages/zoo/include" -I/usr/local/include  -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches   -m64 -mtune=generic  -c any.c -o any.o

有没有办法让所有的包都用-O3和-mtune=native在本地编译？

我注意到有一个similar post 建议使用~/R/.Makevars。不过好像

它将覆盖所有编译器标志，而不仅仅是我指定的那些 2。有没有办法指定？
每个源码都得下载源码包，还不如install.packages("package_name")方便，会弄最新版，过镜像等。或者有什么方便的方法？李>

【问题讨论】：

将这些标志添加到 .R/Makevars 文件不会覆盖所有标志，我不认为它会导致任何问题。也许尝试一下，看看效果如何？如果出现错误，请进行相应调整。有趣的是，在我的 Makevars 中，我有 -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe 标志，并且 zoo 包没有问题，尽管我在 macOS 上所以 YMMV (stackoverflow.com/a/65334247/12957340)。
@jared_mamrot 感谢您的建议。我只是尝试在Makevars 中安装zoo 和CFLAGS= -O3 -Wall -mtune=native -march=native。它替换了在zoo 包中完全指定的所有CFLAGS，它指定了-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic。我可以手动调整我的Makevars 以获取剩余的标志。但是这样做很痛苦，因为我要安装 20 多个软件包。知道如何自动“联合”CFLAGS 吗？
其实我从你和这个post那里得到了一些启发。我使用Makevars 将我的CFLAGS 附加到现有的CFLAGS 并期望gcc 如果发生冲突（根据帖子）将采用后一个标志。谢谢！

标签： r rscript install.packages

【解决方案1】：

您可以编辑 .R/Makevars 文件并使用 += 运算符附加所需的标志，例如

CFLAGS+= -O3 -Wall -mtune=native -march=native

如您在下面的评论中所说，如果存在冲突，则使用后一个标志。从源代码编译方面，您可以通过install.packages() 进行此操作，例如

install.packages("package_name", type = "source")

【讨论】：