使用 PHP exec() 函数时 R 包无法正常工作

Question

更新：已解决 我发现了这个问题。

使用 .libPaths() 函数，我能够确定在通过 PHP 运行 Rscript 时，安装 HH 包的默认目录不包含在库路径中，即使它是当 R 通过命令提示符执行相同的代码时出现。

我已经通过单独调用 .libPaths('new/file/path'); 解决了这个问题。在我动态创建的语法中。当我这样做时，测试

感谢所有帮助过的人。

我正在创建一个 PHP 脚本，它将在 R 中运行一些分析。此分析需要 hov.bf() 函数，它是 HH 包的一部分，但所有 R 输出（和大概与 R) 相关的进程从调用 hov.bf() 函数的行停止。如果我尝试通过 library('HH'); 加载 HH 库，则会出现相同的症状。让我感到困惑的是，通过（Ubuntu）命令提示符运行时，完全相同的 R 语法代码执行并输出所有打印语句（基本和 HH 函数）而没有错误。

代码概览：

PHP 创建 R 语法并写入文件 Rsyntax.txt。以下一些行位于 R 语法文件中：

dir = '/var/www/someDirectory/';
setwd(dir);
sink('record.lis', append=FALSE, split=TRUE);

print('hello-1');
test <- hov.bf(Values,Grouping);
print('hello-2');

q();

生成语法文件后，PHP接着运行：

exec("/usr/bin/Rscript /var/www/someDirectory/Rsyntax.txt --no-save", $output);

当通过 PHP 运行时，输出文件将包含所有在调用 hov.bf() 之后创建的输出，但在此调用之后似乎什么都没有运行。也就是说，“hello-1”存在于输出文件中，但“hello-2”和 hov.bf() 调用下的所有其他输出不会写入文件。但是，当我将 PHP 的 exec() 中的确切命令复制并粘贴到 Ubuntu 的命令提示符时，它运行 all R 语法没有问题。我还尝试将 .Rprofile 设置为在加载 R 时默认加载 HH 包，但这并没有通过 PHP 解决问题。

如果有人有任何想法，我将不胜感激。我已经没有什么想法了。

谢谢。

Answer 1

我发现了这个问题。

使用.libPaths() 函数，我能够确定在通过 PHP 运行 Rscript 时，安装 HH 包的默认目录不包含在库路径中，即使它出现了当 R 通过命令提示符执行相同的代码时。

我已通过在动态创建的语法中包含对 .libPaths('new/file/path'); 的单独调用来解决此问题。当我这样做时，

test <-require('HH'); 
test; 
returns TRUE;

感谢所有帮助过的人。