即使遇到错误，我的 qsub 错误日志中也没有收到错误消息答案

【问题标题】：I'm not getting an error message in my qsub error log even though I'm running into an error即使遇到错误，我的 qsub 错误日志中也没有收到错误消息
【发布时间】：2016-02-02 23:16:33
【问题描述】：

这是我的 .sh 脚本

#PBS -N Polygenic
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=8:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l mem=4gb
#PBS -o $HOME/${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}.log
#PBS -e $HOME/${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}.err

module load R
Rscript /group/stranger-lab/ebeiter/PolygenicAdaptationCode-master/Example/Run_Files/exampleHeightRunFile.R

我知道我的 Rscript 在第 71 行（第 390 行）遇到错误，因为我已经在集群外部运行它，然后它停止了。但是当我查看我的错误日志时，它完全是空白的。这项工作需要大约 6 个小时才能运行，而我一直在做的只是在我的 4GB Ram Macbook 上运行它，但这需要花费很多时间，而且管道正在破坏我的外壳，我正在超时。我想将它作为作业作为 qsub 提交到集群，但我没有收到关于日志中错误的任何反馈，所以我不能这样做。出了什么问题？

【问题讨论】：

标签： r cluster-computing sh qsub rscript

【解决方案1】：

我建议从 Rscript 重定向错误。我运行它像

Rscript >>output.txt 2>&1 script.R

在 PBS 脚本中。我怀疑 Rscript 错误没有被调度程序捕获。

【讨论】：

谢谢！所以只需在我的脚本名称之前插入>>output.txt 2>&1，我就会得到一个带有错误的输出文件？如果作业顺利运行，会输出什么？
嗯...但是你得到了什么？尝试在脚本的早期插入 stop() 命令并检查是否收到消息。如果没有错误，那么您只会得到程序输出的任何内容（可能什么也没有）。您还会收到系统错误消息。您预计会出现什么样的错误？
这是什么意思：“然后管道破裂”？我在 SOCKET 集群上遇到了类似的问题（不记得确切的错误），切换到 MPI 集群解决了这个问题
看起来你的程序在你遇到错误之前就崩溃了。
似乎您的程序在出现错误之前就崩溃了。您的代码是否调用任何并行处理？您似乎只通过您的 pbs 脚本运行了一个实例，但您要求使用 8 个处理器。集群是否使用某种抢占（每隔一段时间杀死和重新启动你的工作）？在代码中的可疑位置输出调试消息。检查您是否可以看到它们以及它们在哪里停止。