从另一个目录运行 R 脚本

Question

这是一个包含几个脚本的示例

test.R ==>
source("incl.R", chdir=TRUE)
print("test.R - main script")

incl.R ==>
print("incl.R - included")

它们都在同一个目录中。当我使用Rscript --vanilla test.R 从该目录运行它时，它工作正常。我想创建多个子目录（run1、run2、run3、...）并针对不同的参数值运行我的原始脚本。假设我cd run1 然后尝试运行脚本，我得到了

C:\Downloads\scripts\run1>Rscript --vanilla ..\test.R
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open the connection
Calls: source -> file
In addition: Warning message:
In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open file 'incl.R': No such file or directory
Execution halted

如何让它工作？

Answer 1

我不确定我是否正确理解了您的问题。我假设您的脚本 test.R 和 incl.R 在 same 文件夹中，然后使用其他文件夹中的 Rscript 运行 test.R。 test.R 应该找出test.R（以及incl.R）的存储位置，然后找出incl.R 的来源。

诀窍是您必须将脚本test.R 的完整路径作为Rscript 调用的参数。可以使用commandArgs 获取此参数，然后从中构造到incl.R 的路径：

args <- commandArgs(trailingOnly=FALSE)
file.arg <- grep("--file=",args,value=TRUE)
incl.path <- gsub("--file=(.*)test.R","\\1incl.R",file.arg)
source(incl.path,chdir=TRUE)

在您的问题示例中，您通过Rscript --vanilla ..\test.R 调用脚本。 args 将是一个包含元素“--file=../test.R”的字符向量。使用grep，我抓取了这个元素，然后使用gsub 从中获取路径“../incl.R”。然后可以在source 中使用此路径。