【问题标题】:Error when trying to make cluster using R (Rscript execution error: No such file or directory)尝试使用 R 创建集群时出错(Rscript 执行错误:没有这样的文件或目录)
【发布时间】:2020-05-17 10:01:31
【问题描述】:

您好,感谢您抽出宝贵时间。
我得到错误:

cl Rscript 执行错误:没有这样的文件或目录

每当我尝试使用“并行”包创建集群时。其他命令(例如 detectCores() 有效,但 makeCluster() 失败。我已经重新安装了 R 和 Rstudio,我不认为问题出在安装上。

R 版本 3.6.2 (2019-12-12)
平台:x86_64-pc-linux-gnu(64 位)
运行于:Ubuntu 18.04.3 LTS

任何帮助将不胜感激。

更新:
如果我在终端中运行 Rscript,我会收到类似的错误,但如果我使用 sudo Rscript,错误就会消失。例如: Rscript helloworld.r 给我错误 Rscript execution error: No such file or directory,但 sudo Rscript helloworld.r 有效。 (helloworld.r 是一个打印 hello world 的 R 脚本。)

提前致谢。

【问题讨论】:

  • 我怀疑你的 shell 启动脚本中发生了一些有趣的事情,例如~/.bashrc。尝试使用cl <- future::makeClusterPSOCK(2, verbose = TRUE) 进行故障排除。它的工作方式与parallel::makeCluster() 非常相似,但提供了更详细的输出。返回的集群也与并行返回的内容 100% 兼容。
  • 我也会尝试在普通的 R 会话中,例如R 在终端中。这样你就可以排除 RStudio。
  • 我确实在终端中尝试了 R,但没有使用 RStudio,并且错误一直存在。我已经更新了这个问题。我注意到 Rscript 作为“sudo”命令工作,我不确定为什么会这样以及如何修复它。
  • 所以,如果我理解正确的话,它与并行包无关,问题是如果不使用sudo 就不能运行简单的Rscript helloworld.r?如果是这样,哇,你的 R 设置有些混乱。 Rscript --version 有效吗? Rscript -e 1+2 呢?也可以试试Rscript --vanilla helloworld.r。
  • 你说得对!它搞砸了!我不知道问题是如何出现的,因为它突然停止工作。我一直在重新安装一切! Rscript --version R scripting front-end version 3.6.2 (2019-12-12) 但其余命令不起作用!

标签: r parallel-processing ubuntu-18.04 rscript


【解决方案1】:

我使用 R 版本为 3.6.1enter image description here

尝试降级r版本

【讨论】:

  • 这个问题不太可能是 R 3.6.2 特有的,所以我怀疑降级会解决它。不过可能会重新安装。
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