通过 qsub 运行 R 脚本答案

【问题标题】：Running R script through qsub通过 qsub 运行 R 脚本
【发布时间】：2013-10-25 08:49:25
【问题描述】：

我正在尝试通过qsub 运行一个名为test.r 的R 脚本。我的R脚本如下：

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
write.csv(x,"test.csv")

如果在 Ubuntu 终端中我输入R CMD BATCH test.r，那么脚本会按计划运行； test.csv 被导出到同一目录中。

但是，如果我创建一个名为 testbash.sh 的 bash 脚本并通过命令 qsub testbash.sh 运行它；它会运行没有错误，但输出不会存在。

#!/usr/bin/bash
R CMD BATCH test.r

如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： r bash pbs qsub rscript

【解决方案1】：

尝试将您的 R 脚本修改为：

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
print(getwd())
write.csv(x,"test.csv")

当您通过qsub 运行脚本时，该脚本通常在另一台服务器中运行，并且默认情况下在您的主目录中。您需要更改脚本中的原始目录，其中有一个变量PBS_O_WORKDIR：

#!/usr/bin/bash
#PBS -N qsub_R_test
echo We are in the $PWD directory
cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in $PBS_O_WORKDIR, running an R script.
R --vanilla < test.r > test.log 2> test.log

我通常不能使用R CMD BATCH，但重定向到R -vanilla 可以。您还可以在脚本中指定 PBS 的选项，以 #PBS 开头，如本例中的作业名称 (qsub_R_test)。

您可以在此处获得更详细的 qsub 参数列表： http://www.csc.fi/english/pages/louhi_guide/batch_jobs/commands/qsub

这里有一个 PBS 脚本示例： http://bose.utmb.edu/Compu_Center/Cluster_users/PBS%20HOWTO/PBS_HOW_TO.html

【讨论】：

【解决方案2】：

你可能做错了。如果你有一个像

这样的 shebang 行

#!/usr/bin/Rscript

然后“简单地”对文件执行chmod 0755 test.r，然后运行它：

./test.r

这应该可以，然后您可以在您的 qsub 调用脚本中进行该调用。

【讨论】：