Rscript在容器中找不到已安装的软件包

Question

我正在尝试安排 R 脚本在容器内运行。我有一个像这样的 docker 文件：

# Install R version 3.5
FROM rocker/tidyverse:3.5.1

USER root

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    xtail \
    wget \
    cron 



# Install R packrat, which we'll then use to install the other packages
RUN R -e 'install.packages("packrat", repos="http://cran.rstudio.com", dependencies=TRUE);'  


# copy packrat files
COPY  packrat/ /home/project/packrat/
# copy .Rprofile so that it know where to look for packages
COPY .Rprofile /home/project/
RUN R -e 'packrat::restore(project="/home/project");'

# Copy DB query script into the Docker image
COPY 002_query_db_for_kpis.R  /home/project/002_query_db_for_kpis.R
# copy crontab for db query
COPY db_query_cronjob /etc/crontabs/db_query_cronjob

# give execution rights
RUN chmod 644 /etc/crontabs/db_query_cronjob

# run the job
RUN crontab /etc/crontabs/db_query_cronjob


# start cron in the foreground 
CMD ["cron", "-f"]

它构建正常，然后 cron 作业静默失败。当我调查时：

docker exec -it   19338f50b4ed  Rscript `/home/project/002_query_db_for_kpis.R`

我得到的输出是：

Error in library(zoo) : there is no package called ‘zoo’
Execution halted

现在，脚本的第一部分如下所示：

#!/usr/local/bin/env Rscript --default-packages=zoo,RcppRoll,lubridate,broom,magrittr,tidyverse,rlang,RPostgres,DBI

library(zoo)

...

所以，显然它没有找到包裹。他们虽然在那里。这就是 packrat 和复制 .Rprofile 的全部意义，它似乎可以工作，因为如果我在容器运行时在容器内运行 shell，我可以在其中找到它们：

root@d2b4f6e7eade:/usr/local/lib/R/site-library# 

而且所有的 packrat 文件似乎也都在正确的位置。难道 .Rprofile 文件没有被看到，因为它以 '.' 开头吗？我可以改变吗？

更新

如果我不使用 packrat，但正常安装包，它可以工作。在容器的文件中挖掘，我可以看到 /usr/local/lib/R/site-library 没有所需的包，而 /home/project/packrat/src 有。所以，这一定与 Rscript 找错地方有关。我认为 /home/project 中的 .Rprofile 可以解决这个问题，但它没有......也许我没有复制其他东西？虽然我现在已经运行了脚本，但这并不理想，因为这些包可能是不同的版本（因此我想使用 packrat），所以如果有人能弄清楚如何让它与 packrat 一起工作，我会标记回答正确。

Answer 1

根据问题和更新尝试几件事：

1. 您是否忽略了 .dockerignore 中的 packrat/lib* 和 packrat/src/ 目录？我担心你正在复制所有构建的包，因此 restore() 认为这些包已经构建在你的容器中。

2. 您的根容器是否对 packrat.lock 文件具有可执行权限？显然会阻止恢复运行。

将 docker install 用户更改为 Rocker rstudio 映像的默认“rstudio”，仅移动 packrat.lock 和 packrat.opts 文件

USER rstudio
COPY --chown=rstudio:rstudio packrat/packrat.* /home/project/packrat/

这些选项的一个很好的参考：https://rviews.rstudio.com/2018/01/18/package-management-for-reproducible-r-code/