将用户 arg 传递给 DESeq2 函数答案

【问题标题】：pass user arg to DESeq2 function将用户 arg 传递给 DESeq2 函数
【发布时间】：2017-02-25 05:13:41
【问题描述】：

我正在尝试使用从命令行输入的参数在 RScript 中运行 DESeq。我使用optparse 解析用户参数，并试图将设计参数传递给DESeqDataSetFromMatrix() 函数。

我直接测试了这个功能，效果很好：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=~taxonomy)

但是，如果我尝试传递变量 opt$design（它是一个字符串 = "~taxonomy"），我会收到以下错误：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=opt$design)

错误：$ 运算符对原子向量无效执行暂停

我尝试了noquote()、cat/paste 的各种组合，并将整个命令创建为字符串以传递给DESeqDataSetFromMatrix() 函数，但没有任何效果。任何建议将不胜感激。

解决方案

感谢 Ben Bolker 在下面的回答，以下方法奏效了：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=as.formula(opt$design))

【问题讨论】：

标签： r arguments string-parsing bioconductor optparse

【解决方案1】：

我认为你需要as.formula(opt$design)。

x <- "~taxonomy"
f <- ~taxonomy
str(f)
## Class 'formula'  language ~taxonomy
## ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
identical(f,as.formula(x)) ## TRUE

【讨论】：

非常感谢！我没听说过这种方法；你刚刚拯救了我的周末:)