devtools::check() - 没有名为“Matrix”的包答案

【问题标题】：devtools::check() - no package called ‘Matrix’devtools::check() - 没有名为“Matrix”的包
【发布时间】：2021-04-29 18:17:33
【问题描述】：

我想为 CRAN 准备我的第一个包，并不断面临这个错误

在 Rstudio 时：


> devtools::check(args = c('--as-cran'))

错误是：


** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘Matrix’
Calls: <Anonymous> ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package 
1 error x | 0 warnings ✓ | 0 notes ✓
Error: R CMD check found ERRORs
Execution halted

以及何时：

$ R CMD check pkgname*.tar.gz

一切顺利，通过检查。

对于这个错误，我几乎尝试了网络上所有可能的解决方案，例如1、2、3、4、5、6 等等，但没有成功。

sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 20.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] eumap_0.0.4          RevoUtils_11.0.2     RevoUtilsMath_11.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.5             paradox_0.7.0          lattice_0.20-41       
 [4] listenv_0.8.0          prettyunits_1.1.1      ps_1.5.0              
 [7] assertthat_0.2.1       rprojroot_1.3-2        digest_0.6.25         
[10] R6_2.4.1               ranger_0.12.1          backports_1.1.8       
[13] ggplot2_3.3.2          pillar_1.4.6           rlang_0.4.10.9000     
[16] uuid_0.1-4             rstudioapi_0.11        data.table_1.12.8     
[19] whisker_0.4            callr_3.5.1            raster_3.3-7          
[22] Matrix_1.2-18          checkmate_2.0.0        mlr3spatiotempcv_0.1.1
[25] devtools_2.3.0         desc_1.2.0             stringr_1.4.0         
[28] munsell_0.5.0          compiler_4.0.2         xfun_0.15             
[31] pkgconfig_2.0.3        pkgbuild_1.1.0         globals_0.12.5        
[34] tidyselect_1.1.0       tibble_3.0.3           lgr_0.3.4             
[37] roxygen2_7.1.1         mlr3misc_0.7.0         codetools_0.2-16      
[40] fansi_0.4.1            future_1.18.0          crayon_1.3.4          
[43] dplyr_1.0.0            withr_2.4.0            commonmark_1.7        
[46] grid_4.0.2             gtable_0.3.0           lifecycle_0.2.0       
[49] git2r_0.27.1           magrittr_2.0.1         scales_1.1.1          
[52] cli_2.2.0              stringi_1.4.6          remotes_2.2.0         
[55] fs_1.5.0               sp_1.4-5               testthat_3.0.1        
[58] xml2_1.3.2             ellipsis_0.3.1         vctrs_0.3.2           
[61] generics_0.0.2         rcmdcheck_1.3.3        tools_4.0.2           
[64] mlr3_0.10.0            glue_1.4.1             purrr_0.3.4           
[67] processx_3.4.5         pkgload_1.1.0          parallel_4.0.2        
[70] colorspace_1.4-1       terra_0.7-11           xopen_1.0.0           
[73] sessioninfo_1.1.1      memoise_1.1.0          knitr_1.29            
[76] usethis_1.6.1

我在 Ubuntu 20.4 上运行。

请帮帮我。

【问题讨论】：

我最近也遇到过类似的问题，不知道我的收获对你来说是不是一样：Matrix 包安装在哪个.libPaths() 中？核心check 在检查包时将不包含个人库，仅包含系统默认值。 R_LIBS_USER 被忽略至少一组测试包可用性。试试这个（如果您在这台计算机上有管理员权限）：将 Matrix 子目录从 .libPaths() 中的任何一个移动到其中的系统目录之一（例如，/usr/lib/R/library/ 并重做检查。
您使用的是 Microsoft R。我会尝试从 CRAN 安装 R，看看您是否仍有此问题。我怀疑你不会； MS 以某种方式搞砸了他们的构建。
@r2evans $ locate Matrix：/usr/lib/R/library/Matrix /home/mohammadreza/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/Matrix 和 .libPaths()：[1] "/home/mohammadreza/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0" [2] "/opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/library" R_LIBS_USER：@ 987654343@
之后使用 CRAN R 并链接您的自定义 BLAS。这是一个例子：pat-s.me/post/arch-install-guide-for-r/…
好的，谢谢大家； 5天后问题解决！所以我做了什么：1- 我尝试了@r2evans 的第一种方法，但是没有用，2- 删除了 mran，3-安装R-CRAN_4.3，4-安装MKL库5-集成MKL 使用THIS LINK 6- 删除所有以前安装的包，7- 设置了新的默认libpath，8- 重新安装依赖项并建议的库，9- 运行 R CMD CHECK --as-CRAN，最后 DONE！ 感谢 @r2evans @pat-s @ user2554330。

标签： r ubuntu matrix package

【解决方案1】：

问题终于解决了。我的步骤的工作流程如下：

1- 我尝试了@r2evans 的第一种方法，但没有成功，

2- 根据@r2evans、@user2554330 和@pat-s 的解决方案，我删除了 Microsoft-R，

3- 我安装了 R-CRAN_4.3，R 在这个阶段工作在默认的 BLAS 和 LAPACK 上。这是在 linux 上使用默认 BLAS/LAPACK 库时的输出：

## Matrix products: default
## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

但是，为了利用硬件并进行多线程处理，必须进行更改。有几个高度优化的库可以用来代替默认的基础库。我主要使用来自Dirk Eddelbuettel 的THIS 非常有趣且易于理解/实现的方法。因此，我将第 4 步执行为：

4- 安装 MKL 用于基于 .deb 的系统和集成的 MKL，

5- 删除所有以前安装的包，

6- 重新安装R-package/Description 中提到的所有依赖项和建议的库，

7- 运行 R CMD CHECK --as-CRAN，最后运行 DONE!。

注意：如果您（像我一样）不知道 BLAS 是什么，HERE 是一篇关于它的非常酷的帖子。我使用的其他来源是：1、2 和 3。

感谢大家的 cmets 和建议。 @r2evans，@user2554330，@pat-s

【讨论】：