由于脚本无法读取文件而停止执行答案

【问题标题】：execution halted as the script is not able to read the file由于脚本无法读取文件而停止执行
【发布时间】：2021-12-30 12:24:21
【问题描述】：

我在 R 中使用命令运行脚本：Rscript gtex_tiss_chrom.R 1 这个脚本的内容是：

source("../code/gtex_v7_nested_cv_elnet.R")
"%&%" <- function(a,b) paste(a,b, sep='')

argv <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
chrom <- argv[1]

#tiss <- argv[1]
#chrom <- argv[2]

snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"
gene_annot_file <- "../output/gene_annot.parsed.txt"
genotype_file <- "../output/genotype.chr" %&% chrom %&% ".txt"
expression_file <- "../output/transformed_expression.txt"
covariates_file <- "../output/covariates.txt"
prefix <- "Model_training"

main(snp_annot_file, gene_annot_file, genotype_file, expression_file, covariates_file, as.numeric(chrom), prefix, null_testing=FALSE)

错误：文件中的错误（文件，“rt”）：无法打开连接调用：main ... get_filtered_snp_annot -> %>% -> distinct -> filter -> read.table -> file 另外：警告信息：在文件（文件，“rt”）中：无法打开文件“snp_annot.chrNA.txt”：没有这样的文件或目录执行停止

【问题讨论】：

阅读。 cannot open file 'snp_annot.chrNA.txt': No such file or directory Execution halted
是的，但是我传递的参数 1 对应于 snp_annot.chr1.txt
嗯，所以你的行 snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt" 应该导致 :./output/snp_annot.chrsnp_annot.chr1.txt.txt" ？您将 chrom 粘贴到文件名，因此您的参数不应该是文件。 ?
应该是 snp_annot.chr1.txt 而不是 snp_annot.chrsnp_annot.chr1.txt.txt
好的，试试snp_annot_file <- chrom。您正在尝试构建一个您似乎不想要的文件名。

标签： r compiler-errors syntax-error rscript

【解决方案1】：

根据cmet中的讨论，这里是答案。

在代码中：

chrom <- argv[1]：将第一个参数分配给chrom 变量。
snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"。这将分配文件名"../output/snp_annot.chr<VALUE OF CHROM>.txt"。
如果未分配argv[1]，则为 chrom 分配 NA。
因此文件名被构建为"../output/snp_annot.chrNA.txt"。
并且该文件不存在，因此您的错误消息。

解决方法是稍微修改一下代码：

如果要将文件名传递给脚本，请使用：snp_annot_file <- chrom。
这样你使用的参数的值就会被直接使用。
或者您可以硬编码脚本中的文件名，具体取决于您的要求。

仅供参考：

这同样适用于第二行：snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"

【讨论】：