Django 在 vi​​rtualenv 下加载 RPy2 时找不到 R

Question

这有点令人困惑，提前道歉。我正在使用以下规格配置一个新的（临时）内部生产网络服务器：

OSX 10.8.4 (Mountain Lion)、Apache 2.2.25、PostgreSQL 9.2、Python 2.7.5、Django 1.5.2、R 3.0.1、RPy2 2.3.7、virtualenv 1.10.4、virtualenvwrapper 4.1.1、 mod_wsgi 3.4

这是在使用 Homebrew 和 pip 的新机器上设置的。在安装之前，我删除了 Apple 安装的 Apache 和 Postgres 的原始版本。 Apache 和 mod_wsgi 都可以工作。安装 mod_wsgi 作为守护进程运行。

在 Apache 中配置虚拟主机通过 mod_wsgi 访问 django，wsgi.py 文件包含以下几行：

import os,sys,site
site.addsitedir('/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/lib/python2.7/site-packages')

# Activate the virtual environment
# Taken from http://thecodeship.com/deployment/deploy-django-apache-virtualenv-and-mod_wsgi/
activate_env = os.path.expanduser('/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/bin/activate_this.py')
execfile(activate_env,dict(__file__=activate_env))

所有 python 包（包括 django 和 RPy2）都已使用虚拟环境的 python 站点包安装。

R 是使用 Homebrew 安装的，并且在虚拟环境中调用时可以从命令行或 python 解释器正常工作（大多数情况下，稍后会更多）。

homebrew.mxcl.httpd.plist 已添加到 /Library/LaunchDaemons 而不是 ~/Library/LaunchAgents，以便在机器重新启动时自动启动。 homebrew.mxcl.postgres.plist 已添加到 ~/Library/LaunchAgents（可能也应该将其移动到 /Library/LaunchDaemons）。

所以问题来了。安装完所有东西后，它可以正常工作。为了验证一切正常，我重新启动了机器并测试了 django 应用程序。 Apache 正在运行，django 也是如此，但现在我收到以下错误：

RuntimeError at /admin/
R_HOME not defined, and no R command in the PATH.
     Request Method:    GET
        Request URL:    http://nauru.xoma.com/admin/
     Django Version:    1.5.2
     Exception Type:    RuntimeError
    Exception Value:    R_HOME not defined, and no R command in the PATH.
    Exception Location: /Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/lib/python2.7/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>, line 48
  Python Executable:    /usr/local/opt/python/bin/python2.7
     Python Version:    2.7.5
        Python Path:    ['usr/local/var/django/code/ri',
                         '/usr/local/var/django/code',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/setuptools-0.9.8-py2.7.egg',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.4-py2.7.egg',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload',
                         '/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages',
                         '/Library/Python/2.7/site-packages',
                         '/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/lib/python2.7/site-packages',
                         '/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/lib/python2.7/site-packages/PIL']

但是如果我打开一个终端窗口并输入

sudo apachectl stop
sudo apachectl start

当服务器恢复时，一切正常。如果我使用sudo apachectl restart，则不会发生这种情况，在这种情况下，错误仍然存​​在。到底是怎么回事？我的活动部件太多了。

Answer 1

解决此问题的最佳方法是添加

os.environ['R_HOME']='/usr/local/Cellar/r/3.0.1/R.framework/Resources'

到用于 mod_wsgi / django 的 wsgi.py 文件的开头。它应该在激活虚拟环境之前添加。还应在此处添加任何其他环境变量。所以现在 wsgi.py 文件看起来像这样：

import os,sys,site
os.environ["R_HOME"]='/usr/local/Cellar/r/3.0.1/R.framework/Resources'
site.addsitedir('/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/lib/python2.7/site-packages')

# Activate the virtual environment
# Taken from http://thecodeship.com/deployment/deploy-django-apache-virtualenv-and-mod_wsgi/
activate_env = os.path.expanduser('/Users/kaiju/.virtualenvs/nauru_dev/bin/activate_this.py')
execfile(activate_env,dict(__file__=activate_env))

sys.path.insert(0,'/usr/local/var/django/code')
sys.path.insert(0,'/usr/local/var/django/code/ri')

# We defer to a DJANGO_SETTINGS_MODULE already in the environment. This breaks
# if running multiple sites in the same mod_wsgi process. To fix this, use
# mod_wsgi daemon mode with each site in its own daemon process, or use
# os.environ["DJANGO_SETTINGS_MODULE"] = "ri.settings"
os.environ.setdefault("DJANGO_SETTINGS_MODULE","ri.settings")

# This application object is used by any WSGI server configured to use this
# file. This includes Django's development server, if the WSGI_APPLICATION
# setting points here.
from django.core.wsgi import get_wsgi_application
application = get_wsgi_application()

非常感谢为本次讨论做出贡献的人！

Answer 2

我认为sys.path 与环境变量 PATH 关系不大，应该设置它（如果需要，还需要设置LD_LIBRARY_PATH）。

我猜 Apache 正在以专用用户身份运行（出于明显的安全原因，不是您自己的 UID），并且该用户的路径中没有 R（其他安全步骤 - 默认情况下，Apache 不应该能够运行任何在您的系统上可执行）。

您必须允许 Apache 运行系统的 R，或者只为您的服务器安装 R（如果考虑使用原型之外的任何东西，则后者更好）