如何使用 rpy2 从 python 获取 n-dim 数组

【问题标题】：how to use rpy2 to get n-dim array from python如何使用 rpy2 从 python 获取 n-dim 数组
【发布时间】：2017-03-24 13:35:12
【问题描述】：

我想用python进行一些计算，并将数组数据放到r中得到一些情节。

对于一维数组，我可以使用 FloatVector 得到正确答案，但是 n-dim 数组错误

（运行以下代码）

（二维数组）
import numpy as np from rpy2.robjects.vectors import FloatVector x = np.array([[1, 2], [3, 4]]) X = FloatVector(x)

错误信息：

`Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
 File "D:\Program\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2\robjects\vectors.py",   line 456, in __init__
 obj = FloatSexpVector(obj)
 ValueError: Error while trying to convert element 0 to a double.`

使用 numpy2ri 可能会在某些绘图命令中出错（例如 ggplot2）

我想在 spyder 中完成这些工作。

【问题讨论】：

标签： python numpy rpy2

【解决方案1】：

转换机制可以成为你的朋友：

from rpy2.robjects.conversion import localconverter
from rpy2.robjects import numpy2ri

with localconverter(numpy2ri.converter) as cv:
    X = cv.py2ro(x) # convert from *py*thon to *ro*bjects

否则，这是因为 rpy2 正在尝试迭代序列x（不与numpy交互的默认行为请求）并通过迭代使每个元素成为 R/rpy2 对象。在这里它不起作用，因为 x[i] 变成了 FloatVector 并且您不能拥有 FloatVector 元素的 FloatVector （尽管您可以拥有 FloatVector 的列表）。很明显，这就是正在发生的事情（你会触发同样的错误）：

FloatVector([FloatVector(y) for y in x])

【讨论】：