将 rpy2 用于带有 jupyter notebook 的内联 rmagic答案

【问题标题】：Using rpy2 for inline rmagic with jupyter notebook将 rpy2 用于带有 jupyter notebook 的内联 rmagic
【发布时间】：2017-02-07 22:49:34
【问题描述】：

我正在尝试将 inline rmagic 与 jupyter notebook 一起使用，但尝试让它工作非常困难。

每当我尝试加载 %load_ext rpy2.ipython 时，我都会收到以下错误：

ImportError: dlopen(/Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site
   packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so, 2): Library not loaded: liblzma.5.dylib
   Referenced from: /Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site-
   packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so
   Reason: image not found

我试过用pip安装它，试过用conda install -c r rpy2安装它。

除了这个 rpy2 问题，我能够设置 R 和 Jupyter 笔记本，这样我就可以用 R 创建一个新的笔记本，所以这似乎不是 R/Jupyter 通信问题.

我正在跑步：

OS X (El Capitan)
Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (x86_64)
R version 3.3.1 (2016-06-21) (located as in /Users/myName/anaconda/bin)
rpy2 2.8.3 (located in /Users/myName/anaconda/lib/python2.7/site-packages/)

这些天有什么方法可以让rpy2 使用 Jupyter notebook 吗？

【问题讨论】：

标签： python r anaconda jupyter-notebook rpy2

【解决方案1】：

我能够通过重新安装 anaconda 并通过 conda 安装 rpy2 来使其工作：

conda install rpy2

这将为 anaconda 安装 R 和许多依赖项。使用这个R 而不是系统R。 PATH 应该在安装 anaconda 后自动更新，但以防万一，请确保在 anaconda 前面添加：

setenv PATH /Users/myName/anaconda2/bin:$PATH

关键rpy2 能够找到Renviron 文件，该文件应该是新安装在 anaconda 中的。我在这里找到了我的（我只是使用聚光灯搜索它）：

/Users/myName/anaconda2/lib/R/

然后我将其制成rpy2 需要找到Renviron 的R_HOME 变量。我还指定了我的用户名：

setenv R_HOME /Users/myName/anaconda2/lib/R/
setenv R_USER myName

（请注意，which R 将返回 /Users/myName/anaconda2/bin/R/，但这不是 R_HOME。这让我很困惑）。

【讨论】：

【解决方案2】：

这在我看来像是一个 conda 问题（lzma 在构建时存在，但在运行时缺失）。

现在有什么方法可以让 rpy2 与 Jupyter notebook 一起工作？

实现它的方法可能不止一种，但首页 (http://rpy2.bitbucket.org/) 中提到的 docker 容器正在一步完成所有部分。

【讨论】：