rpy2 测试在 ubuntu 上得到“NotImplementedError: Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame”

Question

如果有人可以在这里帮助我，我会非常感激。

我在 ubuntu 13.10 上使用 python 2.7、R 3.0.1，并且我已经按照 rpy2 安装指南成功完成了测试。

使用此命令python -m 'rpy2.tests' 通过提示运行测试时，出现以下错误：

rpy2 version: 2.3.8
built against R version: 3-0.1--62743
............................................................................................ ............................................................................................ .........................................................................................................E...........................................................
======================================================================

ERROR: testPandas2ri
(rpy2.robjects.tests.testPandasConversions.PandasConversionsTestCase)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/tests/testPandasConversions.py", line 74, in testPandas2ri
    pandas_df = robjects.conversion.ri2py(rdataf)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/pandas2ri.py", line 63, in ri2pandas
    raise NotImplementedError("Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame")
NotImplementedError: Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame

----------------------------------------------------------------------
Ran 349 tests in 4.297s

在 python 解释器中安装时出现同样的错误。我在哪里可以找到这个转换包？

Answer 1

目前看来这段代码有点不稳定。显然，有很多人（包括我自己）使用 rpy2 和 pandas，但是 rpy2 还没有稳定的内置转换器。您可以在当前开发版本的 rpy2 中尝试this module：

from rpy2.robjects.pandas2ri import pands2ri
rpy2.robjects.pandas2ri.activate()

上面的代码基于源代码中的 cmets 似乎还不稳定，所以您最好根据该模块中的函数编写自己的代码。

你也可以试试 pandas 的代码。有关 pandas/rpy2 接口的文档（实际上自本文档编写以来已更新），请参见此处：

http://pandas.pydata.org/pandas-docs/dev/r_interface.html

及源代码：

https://github.com/pydata/pandas/blob/master/pandas/rpy/common.py

例如：

import pandas.rpy.common as com
r_dataframe = com.convert_to_r_dataframe(df)

如果您无法弄清楚，请随时就您遇到的具体问题提出问题。