python3 rpy2 ggplot2 组合多个数据帧图答案

【问题标题】：python3 rpy2 ggplot2 combine multiple dataframes plotpython3 rpy2 ggplot2 组合多个数据帧图
【发布时间】：2019-07-29 18:36:05
【问题描述】：

我正在努力尝试制作一个将来自 ggplot2 形式 rpy2 的 2 个不同 DF 的数据组合在一起的图。

我不能让它工作，就像每次只能使用一个 DF。

我有 2 个 rpy2 df：

r_df1 = pandas2ri.py2rpy(df1)
r_df_int = pandas2ri.py2rpy(df_int)

第一个数据库是染色体、位置和变异特征的数据库：

df1.head()

 name chr pos status dp low
 31 1-3395085-C-T 1 3395085 T 88 0
 32 1-16202978-G-A 1 16202978 T 162 0
 5 1-11826252-C-T 1 11826252 T 296 0
 33 1-17257079-G-A 1 17257079 T 288 1
 71 1-33318561-T-C 1 33318561 T 10 0

第二个 DB 只是带有要传递给 geom_rect 的间隔的 DB：

df_int

 chr starts ends
 0 1 0 5
 1 2 5 10
 2 3 10 16
 3 4 16 19
 4 5 19 24
 5 6 24 31
 6 7 31 36
 7 8 36 40
 8 9 40 42
 9 10 42 45
 10 11 45 50
 11 12 50 54
 12 13 54 55
 13 14 55 62
 14 15 62 64
 15 16 64 67
 16 17 67 74
 17 18 74 75
 18 19 75 82
 19 20 82 85
 20 22 85 88
 21 30 88 92

并尝试将它们组合在一个情节中：

pp2 = ggplot2.ggplot(r_df_int) + \
    ggplot2.geom_rect( ggplot2.aes_string(xmin = 'starts', xmax = 'ends', ymin = '0', ymax = '5', fill = 'factor(chr)'), alpha=0.5 ) + \
    ggplot2.geom_point( data = r_df1, ggplot2.aes_string(x='sort(order(pos))', y='log(dp)', col='factor(chr)', size='dp', shape = 'factor(low)') )  + \
    ggplot2.theme_minimal()


pp2.plot()

File "<stdin>", line 3
SyntaxError: positional argument follows keyword argument

只有一个就可以了。

有人知道吗？

【问题讨论】：

完整的错误信息应该比这更长，这里没有显示的内容很可能包含有关问题根源的重要信息。
编辑了更多信息，错误很短，我把整行放在那里。提前非常感谢

标签： python r ggplot2 rpy2

【解决方案1】：

正如错误消息所指出的，错误位于最后一个表达式的第三行，是关于 Python 不允许在调用中的命名参数之后使用未命名参数（R 可能，但 Python 不行）。

要么将data=r_df1 移动到aes_string 之后，要么为第二个参数命名：

ggplot2.geom_point(data=r_df1,
                   mapping=ggplot2.aes_string(x='sort(order(pos))',
                   y='log(dp)', col='factor(chr)', size='dp',
                   shape='factor(low)'))

【讨论】：