在 Rpy2 的 ggplot 中使用对数轴缩放答案

【问题标题】：Using log axes scales in ggplot from Rpy2在 Rpy2 的 ggplot 中使用对数轴缩放
【发布时间】：2013-02-02 04:17:39
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggplot 在 Rpy2 的对数刻度上格式化我的轴。在普通的 R 中，可以这样做：

qplot(data=data, x=x, y=y) + geom_point() + scale_y_log2()

获取 log2 轴。当我尝试在 Rpy2 中使用 ggplot2.scale_y_log2 时，它抱怨它没有找到，尽管 ggplot2.scale_x_log10 (log*10*) 工作正常。如何在 Rpy2 中获取 log2 轴？

相关问题：如果我的数据已经记录（例如，它在我将 log2 应用于行的 Pandas 数据框中），我如何在 Rpy2 中获取 ggplot 以将轴格式化为对数轴（即像 2^ 这样的刻度1, 2^2, 2^4, ...) 无需再次记录数据？只是重新格式化标签，因为数据已经在日志值中。谢谢。

【问题讨论】：

标签： python r ggplot2 rpy2

【解决方案1】：

由于这是一个Python / rpy2问题，Python中的代码：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2
from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.packages import importr

scales = importr('scales')

iris = r('iris')

p = ggplot2.ggplot(iris) + \
    ggplot2.geom_point(ggplot2.aes_string(x="Sepal.Length", y="Sepal.Width")) + \
    ggplot2.scale_x_continuous(trans = scales.log2_trans())

p.plot()

【讨论】：

将ggplot2 包装在rpy2.robjects.lib.ggplot2 中的行为非常少。其中之一是为 ggplot 构造绘图，该方法称为plot()，而不是print()（感觉不那么混乱）。
感谢您的解释！ rpy2的好东西！我有一个问题（抱歉在这里问），rpy2 是否用于实际的业务应用程序中？
我不会举出例子，因为害怕开始违背我的意愿就什么是“真正的生意”进行辩论;-)，但从我收集的信息来看。在相当广泛的领域。
@lgautier: 但ggplot2.scale_x_continuous(trans = scales.log2_trans()) 并没有真正将日志应用于数据？我的数据已经记录了。所以想象iris 已经在日志值中，我只希望轴跟随。我不想通过绘图来转换我的数据；数据已经转换并以日志形式保存在数据框中。
@user248237 ：如果您的数据已经被记录，那么不要应用转换并且您已经设置好了。如果您希望刻度线和标签遵循对数转换，则必须 1）从非对数转换数据开始 2）使用 coord_trans(x="log2") 而不是 scale_x_continuous(trans = scales.log2_trans())

【解决方案2】：

要回答您问题的第一部分，您不能在 R 中这样做：

qplot(data=data, x=x, y=y) + geom_point() + scale_y_log2()

你得到这个错误：

   Error: could not find function "scale_y_log2"

所以，你必须先定义它：

library(scales)
scale_y_log2 <- function (...) 
{
  scale_y_continuous(..., trans = log2_trans())
}
dat <- data.frame(x=1:10,y=1:10)
qplot(data=dat, x=x, y=y) + geom_point() + scale_y_log2()

【讨论】：

+1 用于展示如何使用单线体功能添加比例。