Docker 中的 R、Python、rpy2 和 drc 包答案

【问题标题】：R, Python, rpy2 and drc package in DockerDocker 中的 R、Python、rpy2 和 drc 包
【发布时间】：2020-05-28 04:39:48
【问题描述】：

我正在尝试构建一个 docker 映像来执行一个 python 进程，该进程调用（使用 rpy2）来自 R 的包 drc。

我正在使用 amazonlinux docker 映像并使用 drc 我有以下几行通过 conda 安装它：

RUN conda install -c r rpy2=2.9.4 --yes
RUN conda install -c conda-forge r-drc=3.0_1 --yes

通过图像构建，我进入一个正在运行的容器：

docker run -it --entrypoint bash mydockerName

当我通过R 进入 R 时，它会抛出下一个错误：

Error: package or namespace load failed for 'utils':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
Error: package or namespace load failed for 'stats':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
During startup - Warning messages:
1: package 'utils' in options("defaultPackages") was not found
2: package 'stats' in options("defaultPackages") was not found

最近几天我一直在谷歌搜索，但我没有可能的解决方案......

非常感谢！

西维

【问题讨论】：

我在使用 R 时遇到了类似的问题，但在不同的容器类型上。我怀疑您的 docker 映像中可能不存在“which”命令。对于 zsh，这是一个内置的，而其他 shell 期望它位于 /usr/bin 中。或者，它可能具有“which”，但找不到它期望的其他系统工具。到目前为止，我还无法弄清楚 R 在加载库时可以看到哪些系统工具，或者 utils 期望在系统上找到什么。

标签： python r docker conda rpy2

【解决方案1】：

rpy2 项目的图像可以构成一个起点。 conda 虽然没有被使用。 https://github.com/rpy2/rpy2-docker

如果需要conda，以jupyter项目管理的镜像为例。

【讨论】：

【解决方案2】：

我通过安装“which”修复了不同容器类型中的类似问题。这个包经常被 linux 环境忽略，因为有“更好的”替代品。但是，R 包编写者通常仍然依赖于“哪个”。所以弄清楚如何在你的容器中安装this，它可能会解决这个问题。

【讨论】：