【问题标题】:Installing python module "rpy2" after installing Enthought Canopy安装 Enthought Canopy 后安装 python 模块“rpy2”
【发布时间】:2013-04-18 17:27:42
【问题描述】:

我的一些 python 脚本使用 rpy2 作为 R 的接口,与之前的 Enthought EPD python 完美配合。

我最近从 Enthought 安装了 Canopy Python。 Python 现在找不到 rpy2 模块,当我尝试重新安装它时,我收到以下错误:

$ easy_install rpy2

[...]

Processing rpy2-2.3.5.tar.gz
Writing /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/setup.cfg
Running rpy2-2.3.5/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/egg-dist-tmp-A3O60G
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 142: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 143: make: command not found
R was not built as a library
Invalid substring

in string

error: Setup script exited with Problem while running `"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags`

【问题讨论】:

    标签: python r rpy2 enthought


    【解决方案1】:

    您的错误表明 R 不是使用 --enable-R-shlib 构建的,或者安装程序难以找到 R。您是否还在此过程中的某个地方升级/重新安装/重建 R?在终端,以下命令的输出是什么:

    echo $R_HOME
    

    ls $R_HOME/lib
    

    大概第一个显示 /Library/Frameworks/R.framework/Resources 与 rpy 安装正在查找的位置匹配,但是第二个中是否有 libR.dylib 可用?

    如果没有,您是否尝试过重新安装 R?

    【讨论】:

    • 感谢您的回答!结果我不得不重新构建 R,为此我不得不下载 Xcode 命令行工具。这是解决问题的方法:1。下载最新版本的 Xcode (4.6.2) 2. 在 XCode 首选项 > 下载 > 安装命令行工具 3. 下载最新版本的 R 4. 在 R-3.0.0 文件夹中:./configure --enable-R-shlib 5 .easy_install rpy2
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