使用 rpy2 eval 表达式的指导答案

【问题标题】：Guidance in using rpy2 eval expression使用 rpy2 eval 表达式的指导
【发布时间】：2011-10-25 11:01:30
【问题描述】：

我对 R 和 rpy2 都是新手。我正在尝试移植以下示例

library(MASS)  # for eqscplot  
data(topo, package="MASS")  
topo.kr <- surf.ls(2, topo)  
trsurf <- trmat(topo.kr, 0, 6.5, 0, 6.5, 50)

到 rpy2。

到现在为止

import  rpy2.robjects as robjects
robjects.r('library(spatial)')  
f1 = robjects.r['surf.ls']  
x = robjects.IntVector([1,2,3])  
y = robjects.IntVector([1,2,3])  
z = robjects.IntVector([1,30,3])  
res = f1(2, x,y,z)

我假设结果应该是res。但是，当我使用 print(res.r_repr()) 打印 res 时，我得到一个无法评估的表达式。非常感谢您对此的任何帮助。

【问题讨论】：

我不清楚什么是“无法评估”。此外，您的 rpy2 代码与您的 R 代码不对应（对 surf.ls() 的调用没有相同的参数）。
另外，你到底为什么要同时加载 rpy 和 rpy2？ from rpy2 import robjects 应该足够了，然后使用 robjects.r 和 robjects.IntVector
“无法评估”意味着当我发出“print res1.r_repr()”时，我没有返回值数组。相反， res1 包含一个 r 表达式。我的猜测是，为了获得实际值，我需要发出一个命令来评估表达式。
到目前为止，我不确定是否担心实际参数，因为该函数执行某些操作并返回结果。 @Brandon：感谢您指出我已修复它。
@Sandeep：调用 print() 的副作用是将文本打印到控制台；如果它返回一组值，我会感到不安。调用 f1() 的结果是 res1，而你的意思对我来说仍然是个谜（除了调用 print() 或 'res' 而不是 'res1'）。

标签： python r rpy2 cran

【解决方案1】：

然后问题更多：如何将 R 列表转换为 Python 字典（与评估表达式无关）。使用 rpy2-2.2.x（和 2.3-dev）：

from rpy2.robjects.vectors import ListVector
# make an R list
l = ListVector({'a': 1, 'b': 'b'})

# get a Python dict out of an R list
dict(l.iteritems())

【讨论】：

它确实适用于我的 2.1.9 安装。唯一的问题是它不会将值（如果它们是 IntVectors 或 FloatVectors）转换为 python 类型。像 dict([(i,[k for k in j]) for i, j in res.iteritems()]) 之类的东西可以解开它，但这越来越厚了。
@Mark：不仅厚；它只会处理一层嵌套。你可以有一个 R 列表的 R 列表 ...（你明白了），并且转换可能被编码为最短的递归。如果您只关心将长度为 1 的向量转换为 Python 标量，那么只需在转换规则中指定它（参见 rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/…）

【解决方案2】：

您的代码运行良好。我认为您只是无法访问结果。您生成的“res”对象本质上是一个 R 列表。我会把它转换成对应的 Python 字典。

rListObj = {}
for key,val in zip(robjects.r.names(res),res):
  rListObj[key] = [i for i in val] #R Vector to List

结果：

{'f': [1.0, 1.0, 1.0, -1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, -1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0], 'rx': [1, 3], 'ry': [1, 3], 'np': [2], 'beta': [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], 'r': [-1.7320508075688772, -1.6729239521451333e-16, -1.4142135623730951, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, -1.6729239521451333e-16, -1.4142135623730951, 3.415236843329339e-17, nan, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, nan, 0.0, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, nan, 0.0, 0.0], 'call': [<SignatureTranslatedFunction - Python:0xb7539dec / R:0xa686cec>, <IntVector - Python:0xb7534cac / R:0xa69e788>, <IntVector - Python:0xb7534d2c / R:0xa5f72f8>, <IntVector - Python:0xb7534c2c / R:0xa5f7320>, <IntVector - Python:0xb7534bac / R:0xa5f7348>], 'y': [1, 2, 3], 'x': [1, 2, 3], 'z': [1, 30, 3], 'wz': [0.0, 0.0, 0.0]}

我在 rpy2 (2.1.9) 的较旧版本上对此进行了测试，使用更新的版本可能有更时髦的方法。

【讨论】：

谢谢马克。这就是我所缺少的。
@Mark：有更简单的方法可以做到这一点（用 2.2.x 和 2.3-dev 测试；它/可能/适用于 2.1.x 系列）。见下文