将 R 升级到 3.0.1 后 rpy2 无法正常工作答案

【问题标题】：rpy2 not working after upgrading R to 3.0.1将 R 升级到 3.0.1 后 rpy2 无法正常工作
【发布时间】：2013-07-03 20:35:36
【问题描述】：

我有一个在内部使用rpy2 的python 脚本。该脚本直到最近才起作用。但是，它现在停止工作。我收到了一个我以前从未见过的错误。我可以使用以下代码行重现错误：

$ python
Python 2.6.1 (r261:67515, Jun 24 2010, 21:47:49) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5646)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import rpy2.robjects as robjects
cannot find system Renviron
Error in getLoadedDLLs() : there is no .Internal function 'getLoadedDLLs'
Error in checkConflicts(value) : 
".isMethodsDispatchOn" is not a BUILTIN function
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-    universal.egg/rpy2/robjects/__init__.py", line 17, in <module>
from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/robject.py", line 9, in <module>
class RObjectMixin(object):
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/robject.py", line 22, in RObjectMixin
__show = rpy2.rinterface.baseenv.get("show")
LookupError: 'show' not found

我不知道为什么这不起作用。有没有办法解决这个问题。

【问题讨论】：

您从哪个 R 版本升级？
我从 R 3.0 升级。

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

ubuntu 14.04 下使用anaconda 和python2.7 的解决方案如下：

conda install -c https://conda.anaconda.org/r rpy2

这适用于命令行，也适用于我的 pycharm 终端。 但是，在pycharm下还是不行，我得到和OP一样的错误。

它现在可以在pycharm 上工作，但在pycharm 终端上工作的事实有点奇怪。

【讨论】：

这也适用于 Mac OS X (El Capitan) 上的 Anaconda。

【解决方案2】：

我遇到了类似的问题；我刚刚卸载然后重新安装了 rpy2，它现在工作正常。

【讨论】：

【解决方案3】：

仅供参考：对于 Mac 用户：按照@Bertrand Moreau 分享的链接，这适用于 Mac OS X 10.7.5 和 R 3.0.1：

cd /Users/xx/Downloads/rpy2-2.3.7
export LDFLAGS="-Wl,-rpath,/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib"
sudo python3.3 setup.py build --r-home /Library/Frameworks/R.framework/Resources install
sudo python3.3 setup.py install

我会将此作为对上述内容的评论进行分享，但格式丢失了。新人来了！

【讨论】：

【解决方案4】：

rpy2-2.2.5 属于上一个系列 (2.2.x)，并且正在使用旧版本的 R（R 不断发展）。

rpy2 的当前版本是 2.3.x 系列（最新的是 2.3.6），但它们需要 Python 2.7 或 Python 3.3（如果您想要最新的 R，则必须获得最新的 Python ； -))

【讨论】：

【解决方案5】：

This page 描述了这个问题的潜在解决方案（至少，作者描述的问题看起来非常相似）：显然，rpy2 必须重新编译并给出新版本的 R 作为参数。

【讨论】：