LD_LIBRARY_PATH 优先级和编译问题答案

【问题标题】：LD_LIBRARY_PATH precendence and trouble with compilingLD_LIBRARY_PATH 优先级和编译问题
【发布时间】：2012-07-24 09:55:12
【问题描述】：

我正在尝试在 Linux 机器上安装一些软件（python 的 rpy2 包，特别是 rpy2.robjects，如果重要的话）。我需要该软件在我的本地空间中查找它的共享库，而不是在像 /usr/lib64 这样的全局空间中。我在这台机器上没有管理员权限。我的问题是，即使我将 LD_LIBRARY_PATH 设置为指向我的本地空间，该软件仍然会转到 /usr/lib64/whatever，它会在其中找到过期的库。这些库缺少一些它需要的对象，所以它失败了。什么可能优先于 LD_LIBRARY_PATH，有没有办法改变/摆脱它？谢谢。

顺便说一句，这个网站上有人在一年前或更多年前有过类似的问题，但他的回答涉及环境变量 RPATH，并使用 chrpath 实用程序更改它。我根本不清楚 rpy2 正在使用 RPATH，而且 chrpath 在我的系统上似乎不可用。

附录：我尝试使用 LD_DEBUG=libs 运行。得到了很多看起来系统正在寻找我的 LD_LIBRARY_PATH 中的库并找到它们的输出。问题似乎从这里开始：

/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so: error: symbol lookup error:
undefined symbol: Rf_allocS4Object (fatal)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so':
/usr/local/lib64/R/library/methods/libs/methods.so: undefined symbol: Rf_allocS4Object

所以我的猜测是问题在于 DLLpath 中的任何内容都覆盖了 LD_LIBRARY_PATH。我试图通过将我的目录添加到 os.environ['PATH'] 来改变这一点，但没有这样做。显然没有“DLLPATH”，就像我想的那样。

好吧，我猜这就是进步。有人还有什么吗？谢谢。

【问题讨论】：

标签： python linux r rpy2 installation

【解决方案1】：

如果有人还在读这篇文章，我参与了一些“人事工程”来解决这个问题，即让系统管理员重新安装 R，以便它拥有我需要的一切。他们当然很好。非常感谢所有提出建议的人。想继续其中一些，但我必须忙于这个项目。非常感谢！

【讨论】：

【解决方案2】：

查看一个名为 $R_HOME/etc/ldpaths 的文件（在您的情况下，$R_HOME 似乎是 /usr/local/lib64/R）。正是这个文件中的命令在 R 启动时设置了LD_LIBRARY_PATH。

我的看起来像这样：

flodel@netbook-samsung-N150:~$ cat /usr/lib/R/etc/ldpaths 
: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre}
: ${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/lib/i386/client:${JAVA_HOME}/lib/i386:/usr/lib/jni}
if test -n ""; then
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib}
fi
if test -n "${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"; then
  R_LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"
fi
if test -z "${LD_LIBRARY_PATH}"; then
  LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}"
else
  LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}"
fi
export LD_LIBRARY_PATH

如果您没有对该文件的写入权限，您仍然可以在启动 R 之前执行此操作：

export R_LD_LIBRARY_PATH=/your/custom/path

我在我的机器上测试它是否可以在 R 启动后运行以下命令：

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
#[1] "/your/custom/path:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/i386/client:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/i386:/usr/lib/jni"

【讨论】：

不得不离开办公桌几天，所以现在不能尝试其他任何事情。但是感谢大家的帮助！
flodel，如果您或任何人仍在阅读此处，我尝试设置 R_LD_LIBRARY_PATH。它似乎在设置 LD_LIBRARY_PATH 时起作用，但是当我尝试通过 rpy2 到达 R 时得到的行为仍然与上面相同。 python/rpy2 只是不会转向旧库。任何其他想法都是最受欢迎的。顺便说一句，要查看“LD_LIBRARY_PATH”的值，我必须使用 os.getenv()，而不是 Sys.getenv()。我做错了吗？

【解决方案3】：

尝试将您的目录添加到 LD_LIBRARY_PATH 的左侧，因为优先级从左到右。

export LD_LIBRARY_PATH=~/your/custom/path:$LD_LIBRARY_PATH

【讨论】：

非常感谢，但我仍然遇到同样的问题。

【解决方案4】：

RPATH 仅在编译时有用（嗯，链接）；它会影响被烘焙到二进制文件中的库搜索路径。

尝试使用LD_DEBUG=libs 运行，这将显示正在从哪些路径加载库。它是试图从您的LD_LIBRARY_PATH 加载但失败，还是一开始就没有在那里搜索（也许rpy2 有自己的库路径机制？），还是其他什么？

【讨论】：

不，不，RPATH 在运行时也很有用。
@VladLazarenko 怎么样？ man ld.so 记录了它的运行时库搜索路径，即：二进制中的DT_RPATH，环境中的LD_LIBRARY_PATH，二进制中的DT_RUNPATH，ld.so.cache（通常基于ld.so.conf 构建），以及在标准库位置。 RPATH在环境中没有使用。
好的，我试过 LD_DEBUG。一个我不知道的非常有用的工具。这是输出的 sn-p：
好的，如果您不介意，我会将输出放入我的问题的编辑中。作为评论无法阅读。