一个 Jupyter 笔记本中的 R 和 Python

Question

是否可以在同一个 Jupyter 笔记本中运行 R 和 Python 代码。有哪些可用的替代品？

1. 在 Jupyter 中安装 r-essentials 并创建 R 笔记本。
2. 安装 rpy2 并使用 rmagic 函数。
3. 使用烧杯笔记本。

以上 3 个选项中哪一个可以可靠地运行 Python 和 R 代码 sn-ps（共享变量和可视化），还是已经有更好的选项？

Answer 1

是的，这是可能的！使用 rpy2。

您可以使用以下方式安装 rpy2：pip install rpy2

然后在您的一个单元格中运行%load_ext rpy2.ipython。 （您只需运行一次。）

现在您可以执行以下操作：

Python 单元格：

# enables the %%R magic, not necessary if you've already done this
%load_ext rpy2.ipython

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({
    'cups_of_coffee': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9],
    'productivity': [2, 5, 6, 8, 9, 8, 0, 1, 0, -1]
})

R 细胞：

%%R -i df -w 5 -h 5 --units in -r 200
# import df from global environment
# make default figure size 5 by 5 inches with 200 dpi resolution

install.packages("ggplot2", repos='http://cran.us.r-project.org', quiet=TRUE)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x=cups_of_coffee, y=productivity)) + geom_line()

您将从 python Pandas DataFrame 中获得漂亮的图形数据。

Answer 2

使用@uut 的答案在 python 内核中的 jupyter notebook 中运行 R（在 MacOS 中），以下对我有用。

%%R应该总是在单元格的开头，否则你会得到如下图所示的错误

以下是正确的方式：

另外，%load_ext rpy2.ipython 应该在 %%R 之前，因此如图所示将其放在其上方的不同单元格中。

Answer 3

2018 年 4 月更新，

RStudio 还推出了一个包： https://blog.rstudio.com/2018/03/26/reticulate-r-interface-to-python/

可以使用 R markdown notebook 以不同的语言运行多个代码块，这类似于 jupyter notebook。

在我之前的帖子中，我说过对象的底层表示是不同的。实际上，这里是对来自同一包的 R 和 python 的底层矩阵表示的更细致的讨论： https://rstudio.github.io/reticulate/articles/arrays.html

旧帖：

您很难在同一个笔记本中同时使用 R 和 Python 语法，主要是因为两种语言中对象的底层表示不同。也就是说，有一个项目确实尝试允许在同一个笔记本中转换对象和不同的语言： http://beakernotebook.com/features

我自己没用过，但看起来很有希望

Answer 4

SoS 内核是另一种选择。

还不知道效果如何，刚开始用。

SoS 内核允许您在同一笔记本中运行不同的语言，包括 Python 和 R。

SoS Polyglot Notebook - Instructions for Installing Desired Languages

这是一个带有Python and R cells 的笔记本示例。

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*更新：

在共享变量方面，可以使用魔术%use 和%with。 "SoS 自动在所有子内核之间共享名称以 sos 开头的变量"1.

例如。

R 中的起始单元格：

%use R
sos_var=read.csv('G:\\Somefile.csv')
dim(sos_var)

输出：

51  13

切换到python：

%with Python3
sos_var.shape

输出：

(51, 13)