rpy2导入不起作用

Question

尝试导入 rpy2 时出现错误。这是代码和错误。

>>> import pandas.rpy.common
Traceback (most recent call last):  

File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py", line 2828, in run_code
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)

File "<ipython-input-148-c258a0f70d44>", line 1, in <module>
import pandas.rpy.common

File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-packages\pandas\rpy\common.py", line 14, in <module>
from rpy2.robjects.packages import importr

ImportError: No module named 'rpy2'

可能是什么问题？我正在使用 python 3.3.3 版和 pandas 0.13.1 版

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尝试单独安装 rpy2。

1. 直接使用python setup.py install 给了我一个错误，即os 没有模块popen3。

2. 从 Christoph Gohlke 的网站http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 直接安装 exe (rpy2-2.3.9.win32-py3.3.exe) 运行良好。但是，如果我尝试执行import pandas.rpy.common as com，则会收到以下错误（在from rpy2.rinterface._rinterface import * 处加载DLL 时出现问题：

   Traceback (most recent call last):
     File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py", line 2828, in run_code
   exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)
   
     File "<ipython-input-10-63ebebefea80>", line 1, in <module>
   import pandas.rpy.common as com
   
     File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-    packages\pandas\rpy\common.py", line 14, in <module>
   
   from rpy2.robjects.packages import importr
   
     File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 15, in <module>
   
       import rpy2.rinterface as rinterface
     File "C:\PF\WinPython-64bit-3.3.3.3\python-3.3.3.amd64\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py", line 103, in <module>
   
       from rpy2.rinterface._rinterface import *
   ImportError: DLL load failed: %1 is not a valid Win32 application.
   

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终于解决了。似乎添加 R_HOME 和 R_USER 环境变量就可以了。

Answer 1

RPy2 是一个独立于 Pandas 的项目（主页here），因此您必须单独安装它。你应该可以pip install rpy2，然后重启Python再试一次。

Answer 2

这可能不适用于您的问题，但自从 pandas 和 rpy2 升级后，它们的界面已经改变。为了进行设置，您现在必须：

from rpy2.robjects import r, pandas2ri

pandas2ri.activate()

现在，为了将 Pandas 数据帧更改为 R 数据帧，必须使用 pandas2ri.py2ri()，如果要将 R 数据帧更改为 Pandas 数据帧，请使用 pandas2ri.ri2py()。更多信息请访问https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/r_interface.html。

Answer 3

嗯，首先你必须安装 rpy2。如果您使用的是 conda，则可以使用以下命令来完成

conda install -c r rpy2 

然后，如果你想在 Jupyter Notebook 环境中使用 R，你可以使用激活 R

%load_ext rpy2.ipython

Answer 4

在我的情况下，当我使用命令在 Anaconda Prompt 中安装它时它起作用了：

conda install -m rpy2

之后我不得不将 rpy2 目录从 rpy2-2.9.0-py3.6-win32.egg （安装到的文件夹）中移动，因为安装后它无法识别它。 .and 仅将 rpy2 文件夹移动到以下路径：

C:\Users..\Anaconda3\Lib\site-packages （调用所有包的地方）

这为我解决了问题。

Answer 5

这看起来像 rpy2 的 pandas 接口。另外，您还需要在系统上安装 rpy2。我没有 rpy2，所以我很容易检查：

In [1]: import pandas.rpy.common
(...)
ImportError: No module named rpy2.robjects.packages


In [2]: import rpy2
(...)
ImportError: No module named rpy2

我使用 pip 安装了它：

$ pip install rpy2

In [1]: import pandas.rpy.common

有效！ import rpy2 对你有用，但 import pandas.rpy.common 没有不那么问题可能更微妙。

Answer 6

在我的情况下，它最初并没有使用 conda 安装它。我首先通过更改活动环境来解决它。

source activate [environment Name]
conda install -c r rpy2=2.8.5

Answer 7

我最近遇到了类似的问题。我试图使用蟒蛇版本的python（3.6.3）安装rpy2。 下面，提到的命令对我有用，

* python3 -m conda install rpy2

Answer 8

我使用 conda install -m rpy2 安装

并将 rpy2 的目录从 rpy2-2.9.1-py3.6-win-amd64.egg 文件夹移动到在导入期间调用包的路径，然后它就可以工作了。