如何从 rpy2 访问复杂的 R 数据结构字段

Question

我正在做 rna-seq 表达分析我正在使用 R 包 bioconductor，limma edgeR。我有一个由 featureCounts 函数返回的 DGElist。如何使用 rpy2 在 python 中访问此 DGElist 的字段？

我做了A=r("X<-featureCounts(...)")，但是当我做A["X"] 时，我看不到R 中出现的字段。谢谢！

Answer 1

大多数 Bioconductor 对象都使用 R 的 S4 系统。

您可以依赖相关 R 包中定义的访问器函数，也可以直接访问插槽。

有关于 S4 和 rpy2 的文档：http://rpy2.readthedocs.org/en/version_2.7.x/generated_rst/s4class.html

否则，这里的具体问题是您在 R 全局环境中定义 X。您将需要查看 rpy2 的介绍。