R错误：替换对角线长度错误

Question

我正在尝试调试这行 R 代码，它是用 R 版本 2.3.x 编写并与 R 版本一起使用并使用 rpy 调用的，但现在移至 2.15.3 和 rpy2，它似乎坏了？我的矩阵非常大，长度为 409x409，对角线填充了浮点整数（我认为？）。我正在查看拉入的原始矩阵文件，并且诊断文件中填充了 99999.00。其余单元格的格式为##.##

有问题的代码行：

diag(mymatrix) <- apply(mymatrix, 1, function(x) min(x[x>0], na.rm=T)) * 0.73

返回以下错误：

Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件“”，第 1 行，在 调用中的文件“C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py”，第 166 行 return super(SignatureTranslatedFunction, self).call(*args, **kwargs) 调用中的文件“C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py”，第 99 行 res = super(Function, self).call(*new_args, **new_kwargs) RRuntimeError: diag<-(*tmp*, value = c(72999.27, 1.39576, 2.79616323829879, 中的错误： 替换对角线长度错误

我查看了the SVN.R website 以了解diag函数的内部工作原理，看看错误来自哪里：

if (len.v != 1L && len.v != len.i)
stop("replacement diagonal has wrong length")

我认为这告诉了我我的答案，我的替换值不是正确的长度，对吧？那么我该如何让我的替换对角线长度合适，以便“粘住”呢？

编辑——添加了用于故障排除的上下文——

这个矩阵最初是通过 Python 脚本生成为 409x409 数组（使用 numpy），并使用 ro.r.assign 分配。然后，在我的 R 脚本中，mymatrix 最初（以 R 版本 2.3.1 形式）在使用中调用：

mymatrix <- do.call("rbind", mymatrix)

但现在在 2.15.3 和 Rpy2 中，我在数组上使用这个 do.call 时遇到了错误。它会给我以下错误：

文件“”，第 1 行，在 调用中的文件“C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py”，第 166 行 return super(SignatureTranslatedFunction, self).call(*args, **kwargs) 调用中的文件“C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\functions.py”，第 99 行 res = super(Function, self).call(*new_args, **new_kwargs) RRuntimeError: do.call("rbind", mymatrix) 中的错误：第二个参数必须是一个列表

所以我的“修复”是简单地使用as.list 将其转换为如下所示的列表：

mymatrix <- do.call("rbind", as.list(mymatrix))

但是现在进一步思考这个问题，我突然想到这可能就是问题所在。我是否需要再次将其转换回对角线才能正常工作，如果需要，如何？

谢谢！

Answer 1

正如@rawr 所指出的，do.call(rbind, as.list(mymatrix)) 返回一个 409x409 x 1 矩阵，因此，对角函数无法正确表述。解决方案是通过 R 包plyr 将do.call 替换为rbind.fill，它成功地以正确的形式引入了矩阵，然后diag 函数按其应有的方式执行。