RStudio 不会通过 rPython 调用加载所有 Python 模块

Question

我在 Bash 和 RStudio 中运行相同的脚本时遇到了一些意外行为。

请考虑以下事项。我有一个文件夹 "~/rpython" 包含两个脚本：

# test1.R

library(rPython)

setwd("~/rpython")

python.load("test1.py")

number <- python.get("number")
string <- python.get("string")

print(sqrt(number))
print(string)

和

# test1.py

import random, nltk

number = random.randint(1, 1000)

string = nltk.word_tokenize('home sweet home')

我可以使用 Rscript test1.R 从 Bash 调用我的 R 脚本，它会按预期返回

>> Loading required package: RJSONIO
>> [1] 13.0384
>> [1] "home"  "sweet" "home"

如果我再次调用它会产生一个不同的随机数

>> Loading required package: RJSONIO
>> [1] 7.211103
>> [1] "home"  "sweet" "home" 

但是当我从 RStudio 运行相同的脚本 (test1.R) 时，事情变得很奇怪。这里是输出

# test1.R
> 
> library(rPython)
Loading required package: RJSONIO
> 
> setwd("~/rpython")
> 
> python.load("test1.py")
Error in python.exec(code, get.exception) : No module named nltk
> 
> number <- python.get("number")
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'number' is not defined
Error in python.get("number") : Variable not found
> string <- python.get("string")
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'string' is not defined
Error in python.get("string") : Variable not found
> 
> print(sqrt(number))
Error in print(sqrt(number)) : object 'number' not found
> print(string)
Error in print(string) : object 'string' not found

由于某种原因，当我从 RStudio 调用脚本时，Python 解释器找不到模块 nltk（它似乎与其他已安装的 pip 模块相同）但导入 random 没有问题。

Answer 1

我也有这个问题。问题是我的 bash 终端似乎调用了与 Rstudio 不同的 python。我还了解到，如果您只是尝试从 rPython 调用 Python.load()，那么使用基础 R 库中的 system() 可能会更好。

1. 找出您的 bash 终端正在调用的 python。转到您的 bash 终端并运行 which python。对我来说（OS X 10.11.5）是/usr/local/bin/python。现在我们知道了完整路径，我们可以显式调用它，并防止 R 选择可能安装在您机器某个角落的另一个版本。
2. 使用system() 从R 调用bash 命令而不是python.load()，并使用脚本的完整路径。使用您的示例脚本名称和我的示例 python 路径，它将是 system('/usr/local/bin/python /path/to/file/test.py1')

希望有帮助！