为什么 which 和 Sys.which 返回不同的路径？答案

【问题标题】：Why do which and Sys.which return different paths?为什么 which 和 Sys.which 返回不同的路径？
【发布时间】：2018-06-13 13:24:31
【问题描述】：

我尝试从 R 运行 Python 脚本：

system('python script.py arg1 arg2')

得到一个错误：

ImportError: 没有名为 pandas 的模块

这有点令人惊讶，因为脚本按预期从终端运行。之前遇到过此类问题（使用knitr，因此engine.path 块选项），我知道要检查：

Sys.which('python')
#            python 
# "/usr/bin/python"

并将其与命令行进行比较：

$ which python
# /Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python

（即，出现错误是因为我为 anaconda 发行版安装了 pandas，虽然 TBH 我不知道为什么我有不同的发行版）

因此我可以通过运行来解决我的问题：

system('/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python script.py arg1 arg2')

我的问题有两个：

我阅读了?Sys.which 的一些提示，但无济于事。特别是，?Sys.which 建议 Sys.which 正在使用 which：

这是系统命令which的接口

这显然 (?) 不真实；可以肯定的是，我检查了Sys.which('which') 和which which 以确认两者都指向/usr/bin/which（被这个花絮刺激）：

在类 Unix 上，安装 R 时找到的完整路径（通常为 /usr/bin/which）。

对于后者，我一时兴起尝试了Sys.setenv(python = '/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python')，但无济于事。

【问题讨论】：

期待答案，上周我有一个 bash 脚本，它可以从终端运行，但不能从 R 中的系统命令运行，但没有花时间调试或将其写成问题. （这是一次性的，所以我懒洋洋地从终端运行它。）
假设所有这些都服从$PATH，$PATH 必须不同 - R 中的 system("echo $PATH") 和 shell 中的 echo $PATH 是什么？这与python which 的发现一致吗？ system("which python") 是否与Sys.which("python") 相同？
@Spacedman 很好的建议，而且你正在做一些事情，事实上我的 anaconda2/bin 目录在我的终端 $PATH 上，但不在已知的路径上R 中的system。鉴于此，我想system('which python') 与Sys.which('python') 相同也就不足为奇了（从system 找到的python 没有pandas 的事实中基本上可以清楚地看出这一点。附）
所以问题是：有没有一种非黑客的方式来设置PATH 同步？我显然可以将我在终端中找到的内容复制粘贴到Sys.setenv(PATH=...)
那么如何启动 RStudio？从菜单？在这种情况下，它会从启动桌面的进程中获取 PATH。从终端命令行启动 RStudio？那应该得到终端的PATH....

【解决方案1】：

正如一些 cmets 所暗示的，这是一个问题，因为 Finder（或 Dock）启动的程序与终端中的程序不同，PATH 环境变量不同。有一些方法可以为 Dock 启动的应用程序设置 PATH，但它们并不漂亮。如果您想走这条路，可以从这里开始寻找：

您可以做的另一件事可能更简单，就是告诉 R 在启动时设置 PATH 变量，使用 Sys.setenv 将路径添加到所需的 Python 实例。通过将命令放在相应位置的.Rprofile 文件中，您可以只为一个项目、整个用户帐户或整个系统执行此操作。有关如何在此处执行此操作的更多信息：

【讨论】：

我希望有一种方法可以从 finder 启动的 R 实例中启动标准终端。如果有一种简单的设计方式说foo，我很乐意添加Sys.setenv(PATH = foo())
链接问题中的主要答案对我不起作用，但这个对我有用：apple.stackexchange.com/a/198282/257940