【问题标题】:R within Rstudio cannot find rmarkdown packageRstudio中的R找不到rmarkdown包
【发布时间】:2014-09-04 04:24:21
【问题描述】:

我第一次尝试在 PC 上的 Rstudio (0.98.953) 中使用 rmarkdown。我已经升级到最新版本的 R (3.1.1) 和 R studio。 sessionInfo() 的输出在此问题的末尾提供。

据我了解,rmarkdown 应该包含在 Rstudio 中。但是,当我选择在 Rstudio 中创建 markdown 文档时,会弹出一个对话框,提示需要安装其他包。 rmarkdown 的安装总是会失败,并显示以下消息:

Installing package into '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My        Documents/R/win-library/3.1'
(as 'lib' is unspecified)
* installing *source* package 'rmarkdown' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return =     TRUE) :
  there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
*** arch - x64
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return =     TRUE) :
  there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
* removing '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win-    library/3.1/rmarkdown'
Warning messages:
1: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.1/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "\\cfsk18.campus.gla.ac.uk\SSD_Home_Data_X\jm383x\My Documents\R\win-library\3.1"     "C:/PROGRA~1/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz"' had status 1 
2: In utils::install.packages("C:/Program     Files/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz",      :
  installation of package     'C:/PROGRA~1/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz' had non-zero exit status

我认为这与在我的工作地点使用托管桌面有关。然而,这通常不是问题,因为这些机器上的限制比通常情况下要少得多,并且所有其他软件包、软件等都可以正常工作。

我也尝试过直接从 github 安装 rmarkdown。同样,安装程序无法识别包 rmarkdown 本身。

错误的原因可能是什么?

SessionInfo 输出:

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252        LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252
[4] LC_NUMERIC=C                            LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.1

尝试直接从 github repo 安装:

devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")
Installing github repo rmarkdown/master from rstudio
Downloading master.zip from https://github.com/rstudio/rmarkdown/archive/master.zip
Installing package from C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv/master.zip
Installing rmarkdown
Installing dependencies for rmarkdown:
httpuv
Installing package into ‘\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My     Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.1/httpuv_1.3.0.zip'
Content type 'application/zip' length 857357 bytes (837 Kb)
opened URL
downloaded 837 Kb

package ‘httpuv’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv\downloaded_packages
"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.1/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  \
  "C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv\devtoolscec10833677\rmarkdown-master"       \
  --library="\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win-   library/3.1" --install-tests 

* installing *source* package 'rmarkdown' ...
** R
** inst
** tests
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
    Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return =     TRUE) :
      there is no package called 'rmarkdown'
    Error: loading failed
    Execution halted
    *** arch - x64
     Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) :
  there is no package called 'rmarkdown'
    Error: loading failed
    Execution halted
    ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
* removing '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win-      library/3.1/rmarkdown'

【问题讨论】:

  • 没有rmarkdown 包。你的意思可能是markdown
  • 'rmarkdown' 是我第一次尝试创建 Markdown 文档时,最新版本的 Rstudio 自动搜索的包。这可能是 RStudio 代码中的一个简单错误吗?
  • rmarkdown 包可从 github 获得:github.com/rstudio/rmarkdown
  • 我不这么认为。试试this
  • 正如我在问题末尾所说的,我已经尝试直接从 github 安装。使用这种方法时,错误 - 无法找到名为 'rmarkdown' 的包 - 重复出现。

标签: r markdown rstudio


【解决方案1】:

尝试运行此代码以获取最新版本的 rmarkdown 包,这应该可以解决问题:

install.packages("rmarkdown", repos = "https://cran.revolutionanalytics.com")

问题在于 RStudio IDE 会查看在更新 rmarkdown 包之前拍摄的静态 CRAN 快照。欲了解更多信息,请参阅此链接:https://groups.google.com/forum/#!topic/rropen/Kgg8z6FF40I

【讨论】:

  • 谢谢——这是迄今为止最简单的解决方案。
【解决方案2】:

我想知道问题是否在于您的 install_github 命令的 --library 选项显示的路径中的空格。我知道您说您之前已经安装了软件包,但我的设置听起来就像您的一样,并且 rmarkdown 对我有用。我在 Win7 上安装了 RStudio 0.98.953,这是一台非常封闭的公司机器。我通过将环境变量 R_LIBS 设置为我的网络主驱动器来强迫它让我安装 R 包。加载包很慢,但我别无选择,因为我无法写入 C: 驱动器。所以,我的 install_github 命令有 --library="H:/Rlib"。您的路径中嵌入了“我的文档”。我不肯定这是问题所在,但我在 github 上安装的“rstudio/rmarkdown”确实成功了。当我执行 File -> New File -> R Markdown,然后按下“Knit HTML”按钮时,这也成功完成。

RStudio github 页面https://github.com/rstudio/rmarkdown#installation 听起来好像不需要在 RStudio 中手动安装 rmarkdown,但我还是这样做了,因为我并不总是通过 RStudio 使用 R。抱歉,在手动安装软件包之前,我没有通过制作新的 R Markdown 文件来测试 RStudio。

RStudio 博文http://blog.rstudio.org/2014/06/18/r-markdown-v2/ 明确表示,rmarkdown 包是为了替换之前的 markdown 包。 rmarkdown 包似乎还没有出现在 CRAN 上,所以 install_github 是必要的。

【讨论】:

  • 谢谢。现在尝试从家用 PC 和 rmarkdown 安装没有任何问题。问题可能是作为默认位置的网络空间比硬盘更有限,因此可能在安装过​​程中空间不足。我将首先尝试清除网络空间,然后如果这不起作用更改 R_LIBS,然后如果这不起作用也卸载并重新安装 r 和 rstudio。希望我能到达那里。谢谢。
  • 我说的是库路径中的空格字符,而不是指定驱动器上的存储空间不足。我想可能空间不足。此外,也许尝试使用驱动器号作为库位置,而不是 \\servername\path\to\folder 语法。我看到 Windows 上的 R 感到困惑,并尝试在 C:\servername\path\to\folder 创建一个新的本地文件夹,而不是去服务器。
  • 最后一个想法,适用于公司锁定 PC 的用户。在我的工作 Win7 PC 上,我无法右键单击计算机并更改环境变量。 (在 WinXP 中,我认为它是“我的电脑”。)但我可以通过“开始”菜单的“搜索”字段来完成。所以搜索“环境”,它会给你一个结果,点击“为你的帐户编辑环境变量”。即使没有管理员权限,您也应该可以设置 R_LIBS 变量。
  • 您还可以在非特权管理员中使用setx PATH %PATH%;C:\somepath 语法在用户级别更改 PATH 环境变量。在this technet article 中提供更多信息。请注意,如果您在 cmd 提示符下,则需要重新启动它才能重新加载环境变量。
【解决方案3】:

对我来说最好的方法是退出 Rstuido,然后在基础 R(不是任何 IDE)中安装 rmarkdown 包并重新启动 Rstudio。

我使用的是 Windows 10,R 3.3.1,Rstudio 版本 0.99.903

【讨论】:

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